按许的主张在北京大理院审理，法院处于政.府的藩篱之下，案件能否得到公正的审判，罪犯是否会受到应有的惩罚，政.府是否会妨碍司法的公正，这些都令人担忧。
再者，“宋案”涉及政.府，司法总长本就是国.务.院中的一员，而其上司赵秉钧为案中巨犯，又怎能不让人心存疑问？电末，黄兴请袁世凯“独持英断，毋为所挠”，以“维大局而定人心”。
两日后，袁世凯回电，称总.理赵秉钧与应桂馨只通过一次信函，即一月十四日附信送达“密码电一本”，并声明今后“有电直寄国.务.院”，如果仅凭这一信件就一口咬定赵秉钧是“宋案”主犯，在法律与证据上都站不住脚。
再者，“近年来那些闹二次革命、三次革命的，无不假托伟人，如凭为嫁祸之媒，不免人人自危”。
“赵秉钧、洪述祖、应桂馨三人来往之事，好比甲、乙谋丁，甲骗乙说丙已授意，而丙实际上并不知情，如果以此定丙之罪，未免不公。现在的首要问题，还应请法律部门将各项证据详细研究，等到人证到齐，审判公开，自能水落石出”。
对于黄兴要求他直接命令设立特别法庭之事，袁世凯颇不以为然。他在回电中表示，民国既是立宪国家，司法独立原则不可轻易摧抑。司法总长许世英为保障法律而拒绝副署，此乃他的职分所在，并无偏私之见。如果任其辞职，法官界未免横起风潮。如此，对大局影响重大。当下“国事艰难，人心险恶，转移风气”，还希望黄兴能够理解。
袁世凯的这段话可谓冠冕堂皇、滴水不漏，一下就把黄兴的质问堵了回去。私下里，袁世凯对程德全、黄兴等人的做法大为不满。
《民立报》一九一三年六月二日报道，谭人凤、王芝祥于五月十八日拜会袁世凯，袁世凯称：“人谓我违法，我丝毫不违法。‘宋案’候法庭裁决，借款（指善后大借款，后文将专门谈及）听国会解决。国会议决如何便如何，我何违法之有？宋案证据有黄克强（黄兴）盖印，黄克强既非行政官，又非司法官，何能盖印？即此已违法，尚责我乎？”
另外，作为政。府官员，程德全又有何权力公布本应由法院公布的证据？至于黄兴要求自己独断专行，下令设立特别法庭，“岂不是强人所难，好让自己背负干涉司法独立的罪名吗？”
就司法程序而言，黄兴的做法确实不太妥当，如未经审判即一口咬定“总.理为案中要犯”，如要求国.家.元.首干预司法，这无疑都是违反法治原则的。
对此，副总统黎元洪也发表通电，称共和国家应首重司法，既不容行政机关非法干预，也不能让立法机关随意侵犯。刺宋一案，纯属法律问题，程德全等宣布证据，不出自法庭而出自军政.府，未免有违法之实。
作为宋教仁多年的至交，黄兴的激动是可以理解的。何况当时的中国缺少法治观念，民主共和又刚刚确立，所谓“三权分立、司法独立”等等，这些东西大多停留在概念层面，一旦进入操作阶段，难免会因为个人好恶或集团利益而导致理念扭曲。
革命党人这边，主张对袁世凯持强硬态度的不仅有黄兴，另一位革命领袖孙中山更是如此。
宋教仁遇刺后，孙中山在第二天即得知消息并决定立即回国。
四天后，孙中山一行人回到上海，随后开会讨论“宋案”的处置办法。
黄兴等人主张用法律解决，与黄兴不同的是，孙中山从一开始就认为是袁世凯在背后策划了一切。
返回上海的第二天，孙中山即在拜会日本驻上海总领事有吉明时表示：“宋教仁暗杀事件，事颇重大。昨朝返沪以来，根据收到之报道，其数虽少，而出自袁世凯嗾使之证据，历历在目。”
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