上海、南京两地的讨袁军相继失败后，八月二日孙中山乃乘德轮约克号离沪。本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，“驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯乱命”，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。
行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至.香.港，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项六百元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。
孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。这时各地的讨袁军都相继失败，孙乃转去日本。
不料袁世凯已要求日本拒绝孙上岸。幸得船长的掩护，以及国民党在日本的负责之人丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知等地协助，才得在神户秘密登岸。这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络。
九月六日北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要。以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。
民国二年的讨袁之役（又称为癸丑之役、赣宁之役、湖口之役和二次革命），可惜是昙花一现，它是民国成立后的第一次南北战争。这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九。
至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及。由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了。
国民党第二次革命失败，对于中华民国的影响是极大的。因为袁世凯的胜利进一步膨胀了他独裁称帝的野心，使中华民国民主事业，遭受到了致命的打击。
战争的最终结果是袁世凯所代表的军政集团大获全胜，国民党在广东、江西、安徽三省势力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯是命了。
平定二次革命中，袁世凯很注意做反袁派的分化瓦解工作。他曾令梁士诒、曾彝进转告讨袁派说：“现在看透孙（中山）、黄（兴）除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱，我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政.府，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之！”
梁士诒当袁世凯面嘱曾彝进“以个人资格往告国民党人”，袁世凯则摆手制止说：“就说是我袁慰亭说的，我当负责任。”
五月二十九日，在袁世凯的支持下，共和、民主及统一三党合并组成进步党，举黎元洪为理事长，实际负责人是汤化龙、梁启超。进步党明确声明拥护袁世凯和“宋教仁案”以法律解决。
各地进步党的都督也紧随其后，为袁世凯张目，连国民党山西、陕西都督亦列名于攻诋黄兴的通电。
在镇压“二次革命”的过程中，袁世凯反复重申尊重国会和约法，这也就使得在北京的国民党议员徒增合法斗争的信心。在“二次革命”中，仅有少数议员决然南下讨袁，大部分仍坐在国会大厅里从容论道。
袁世凯一直安抚议会中的国民党议员：这场战争仅仅是要讨伐黄兴、李烈钧等几个叛乱分子，并非要对付国民党。
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