孔融在任六年后，被刘备上表推荐兼领青州刺史。
建安元年（196年），袁谭攻北海，双方战斗自春至夏，战士仅剩数百人，流矢像雨一样射来，城内已经短兵相接。孔融仍然凭几读书，谈笑自若。晚上城陷，才逃奔山东（太行山以东），妻儿都被袁谭所掳。
同年，汉献帝迁都许昌后，征召孔融为将作大匠，又升任少府。每逢朝会访问召对之时，孔融常引证定议，公卿大夫都不过挂名而已。
当时，荆州牧刘表不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，还郊祀天地，礼仪拟指君主。朝廷下诏把他的行为宣示天下，孔融上疏认为应当隐瞒郊祀这件事，来维护朝廷的脸面。
建安五年（200年），南阳王刘冯、东海王刘祗相继逝世，献帝哀痛他们早逝，想为他们规定四时祭祀，为此先询问孔融意见。孔融回答说：“陛下仁厚，感慨变化而增加思念，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。臣看前代梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说前朝为他们修祭祀。如果是临时的，就不要列入传纪。臣不懂事，认为他们都在幼小的年龄死去，陛下哀痛，以成人礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一年一期祭祀，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”
之前，曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
建安十二年（207年），曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
孔融已经看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。曹操又写信故意挑拨二人，孔融也回信相对。
建安十三年（208年），孔融再任为太中大夫。孔融本性宽容不猜忌别人，重视人才，喜欢诱导提拔年轻人。等到退任闲职后，宾客天天满门。
曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，于建安十三年八月二十九日将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。
之前，京兆人脂习，与孔融相好，曾劝诫孔融性格太过刚直。等到孔融被害时，许昌没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸说：“文举丢下我死了，我也不再活了。”曹操听说大怒，准备收捕脂习杀害，后来逢赦免才被释放出来。
后来连曹丕都评价孔融：今之文人，鲁国孔融文举，广陵陈琳孔璋，山阳王粲仲宣，北海徐干伟长，陈留阮瑀元瑜，东平刘桢公干，斯七子者，于学无所遗，于辞无所假，咸以自骋骥騄于千里，仰齐足而并驰。以此相服，亦良难矣。
后面司马彪也评价：融在北海，自以智能优赡，溢才命世，当时豪俊皆不能及。亦自许大志，且欲举军曜甲，与群贤要功，自於海岱结殖根本，不肯碌碌如平居郡守，事方伯、赴期会而已。
然其所任用，好奇取异，皆轻剽之才。至于稽古之士，谬为恭敬，礼之虽备，不与论国事也。高密郑玄，称之郑公，执子孙礼。
及高谈教令，盈溢官曹，辞气温雅，可玩而诵。论事考实，难可悉行。但能张磔网罗，其自理甚疏。租赋少稽，一朝杀五部督邮。奸民污吏，猾乱朝市，亦不能治。
孔融虽然忠君爱国，但是为人刚正不阿，最后死在了曹操的手中。
虽说汉武帝独尊儒术后，儒家迅速发展，但是儒家结合了很多的思想，忠君爱国这一点在汉朝是很常见的。
更何况孔融是孔圣人的后人对这点更加的重视了，以前孔融只是看到那这天下已经腐朽不堪了，孔融只是想保住北海一地百姓的安居乐业，但是后面张清扶持刘协上位以后，刘协表现出来的帝王之术让孔融燃起了希望。
这次袁术称帝让孔融大惊的同时也很愤怒悠悠大汉四百载，多少想要覆灭汉朝的最后都被打败了。
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