但是，惠民衙门和官衙相比，管理较松，再加上本身的效益，导致很多惠民衙门的薪金还比官衙高。
例如参官惠民编职员与官吏之间的区别，主要是人员使用的编制不同，其他的如薪金、日常管理等，都是执行《大明律官吏法》及其配套法规、政策的规定。
可以这么说，除了编制不同，参官惠民编职员和《大明律官吏法》规定的官吏的条件、义务与权利，职务级别，录用考核，任免升降，奖惩培训，辞职辞退，控告申诉，律法责任等等，包括退休、交流调动等待遇都一样。
官吏和惠民职员的区别，也可以从以下几个方面来进行分析。
从工作内容上来说，官吏主要从事政务类工作，而惠民职员主要从事事务类工作，并且很多都是专业性很强的工作，官吏很难达到专业对口，学以致用，而惠民衙门可以，比如医馆、药局、书院、报社等。
从历史上明王朝持续推行的惠民衙门改革上看，医师、教师、自收自支等惠民编制是改革的重点。
不同类型的惠民衙门进行不同的改革，承担行政职能的会转成官吏，自收自支的会被转成国商，而对全额和差额身份的惠民编人员影响不大。
从晋升和长远发展来看，官吏晋升速度略快于惠民职员。
惠民职员虽然在前途上不如官吏，但在大部分行政衙门，惠民职员与行政官吏是混岗工作，所以不存在谁的工作量大的问题。
惠民职员也具有与官吏一样的稳定、轻松、压力小等特性，所以除了身份上的差别外，并不存在谁的工作量大的问题。
综上，惠民职员与官吏没有可比性，即使硬要比较的话，惠民职员也并不比官吏差。
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