而剩下的4000人被分为3队，分别从左中右三路进军，在每一个关键节点修筑城砦，驻守不少于100人的军势后继续向内进行探查。
西路由前田利长的负责，率领2000能登众负责，从五条城出发截断高野山与大和之间的天狗垰的联系，随后继续向南直达十津川沿岸。
能登之地尽管没有纪伊山脉这面离谱，但大部分面积也是被崇山峻岭包围，秀长将这部分最艰巨的任务寄给能登众负责，也是因为他们最能适应相似的环境。
中路由其家臣青木一矩率领1000加贺众前行，先一步前行到官方能掌握的最深入的村子黑泷村后再向南进行探索。
东路则由杉若无心率领1000人，沿着吉野川不断向上溯源。
丰臣秀长在秀家布置完这些任务后，又加了一条，就是尽可能的将山内惣村人口迁移出来，釜底抽薪切断他们可能的所有补给。
秀家的计划很有效果，左路军前田利长在进山后的第三天就来报剿灭了近百人的小股乱兵，如今已经控制住高野山东部的天狗垰。
由于这里太过重要，其留下了300人驻守后，主力继续向南向十津川地区探索。
相比较前田利长这边发生了战斗，中路和东路压根没有遇到任何的战斗。倒是将沿途的几个村子的领民迁移了出来，一共带出千余百姓，有秀长妥善安置在吉野川两岸。
这一信息让秀家确认了纪伊众的势力依然在纪伊地区打转，其核心武力依然没有转移到大和甚至伊势，这对秀家的包围网来说无疑是一个非常好的消息。
但是越向深山探索，难度就越发困难，因为这里是人迹罕至之地，根本没有任何道路可言，下一步往哪里走谁都不知道。
最重要的是，由于高山特有的气候，太平洋吹来的水汽在这里聚集，上千年来没有被整理过的动物腐肉、支付烂叶在土地上肆意的腐烂变质，散发出对人有害的气体，也就是人们常说的瘴气。
这些进山的士卒仅仅过了几天就已经出现身体不适，上吐下泻的症状，疫病开始在士兵之中散播。
没有办法秀长只能命令兵士退出来，只驻守重要的城砦。将患病的士卒单独运送到小田城进行医治，同时命令所有水源都必须煮沸后才能使用。
尽管采取了有效的计划，但是疫病还是开始在北陆军团中散播开来，一种无形的恐惧在士兵之中弥漫。
士兵们都说“大岺山里面是恶鬼的领地，只要踏入就会引来不幸。”
“那群纪伊的王八根本不可能在山中生活，进去之后早就死了，也不知道我们要驻守到什么时候。”
人人都对进山畏惧如虎，山内要点又必须要派人驻守。没有办法羽柴秀长只能要求每个500人左右的备队，每次进山驻守10天就可以撤出。
算上进山出山的日子，基本上是第三只备队进山的时候，第二只备队最远的备队差不多入驻最南端的十津川城。
为了弥补兵力的不足，秀长不得不从伊势地区抽调5000伊势众前来，加入到轮流值守的队伍中去。
但是也是有好消息的，由于纪伊方向不断的向内深入，驻守在天狗垰的守军已经多次堵截到妄图逃亡大和的溃兵，这座连接纪伊和大和山区最重要的关口成了守备的最前线。
在得到伊势众的补充之后，秀吉命令他们配合伊势方向的部队，沿着从十津川继续向南探索，最终和纪伊、伊势的部队，在新宫城下会和。
于此同时，秀吉还开出了极高的赏格，每一名乱兵的首级都可以换5贯钱、肉一吊、鱼两条、酒一盅。而且并不限制来换取赏赐的人的。
换句话说就是鼓励山里的僧兵、惣村的百姓去杀那些乱兵，用他们的首级来换取必要的生活物资。
或者鼓励乱兵里自相残杀，带首级而降者，不仅既往不咎，而且还能获得一样的赏赐。
种种不信任感，开始在根来众和畠山家之间流转开来。
不仅是势力与势力之间害怕黑吃黑，就连自己家内部都充满着不信任。
畠山家早在畠山昭高和畠喊高政死后就只剩下虾米三两只，哪里还有这么多远大的复国理想，无非就是看到有便宜就占的想法，想要掺和到根来众的事情中去。
现在根来众势衰，连带着自己都要进山吃草根，让这群武士大爷哪里能答应呢。
三两个武士一合计，直接杀了纪伊畠山家最后的族人，下山投降改换门庭去了。
畠山家的奔溃成了为纪伊乱兵的失败吹响了丧歌。在经历了6个月的围城之后，太田城终于开城投降，纪伊领内最后的抵抗势力只剩下了根来众。
根来寺众本就是高野山地区真言宗出身，以前高野山上以金刚寺为首的庙宇还念在同宗的情谊施以援手。
现在秀吉直接把路给堵了，任何人不得进出山门，把各寺庙的香火直接掐断。
纪伊深山，即便在山中种田，又能有多少收成，僧侣们大部分的饮食来源都源自山下采买。现在秀吉就是一刀切的把他们的经济来源，粮食来源掐断了，逼着他们作出选择。
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