没有常规爱情电影那些甜到发腻的柔光暖色调镜头，《暧暧内含光》这部片子开始触目可及的就是大范围的冷色调，而且还如同悬疑片一样，刻意抛出了很多让观众疑惑的东西：
男主角张北起床时候为什么一副疲惫、难受的神情，自己的车子是怎么被刮坏了，他为什么忽然冲动地跑去追开往滨海的火车，在滨海为什么和那个举止特殊的女孩有熟悉感，在林秋家门口那个男生反复问他是否需要帮忙的怪异举止……
这就是故事开始17分钟呈现出的内容。
把观众的胃口吊起来以后，才开始缓缓打出片头字幕，这也暗示着电影正常剧情的开始。
此时时间线拨回了故事真正开始发生的时刻：情人节的前一天，张北在黑暗中一个人趴在驾驶席上伤心欲绝的抽泣，车门上已然有了刮痕。
他和林秋吵架了，分手了，她有了别的男人，而且似变得乎完全不认识他了。
为什么相遇在情人节之后，车子刮花却在情人节之前呢？到底发生了什么？
正当观众们一头雾水的时候，导演为大家解开了谜题：原来女友林秋因不堪忍受两人间不愉快的过往而找到一家科技公司——“空白读档公司”，借助先进的机器将关于张北的一切记忆都删除干净了。
当记忆删除的设定展现出来的时候，林东峻听到了后面不少的惊呼声。不少影评人、记者急忙记下自己这一刻的感想，这个点子很赞！
这个科幻设定在新世纪初还是很新颖的，实际上后世的《源代码》、《盗梦空间》等影片都有受到这部电影的影响。
所以，大家以为的又是一部乏味的爱情片此时就变得不一样了。
这让很多人眼前一亮。
接下来影片中巧妙运用了顺叙、插叙、倒叙结合的非线性叙事结构把男女主从相识到相恋，相恋到分手中爱情的甜蜜、争吵的疲惫、互相的猜忌、到最后感情归于平淡，以及最后导火线下矛盾爆发——林秋冲动地选择了清楚记忆，让一切成了过去式的种种情节呈现给了大家。
男主角张北是一个平庸、内向、颓废、沧桑、忧郁、内敛、羞涩、不善交际的人；女主角林秋呢？她是漂亮、冲动、充满热情、与众不同，敏感又脆弱的，需要用心去体会去关爱。她有着强烈的自卑感，渴求着被人真正的发现她的美丽，而不只是被她的容貌迷住。
这两个性格诧异很大却又很自然走到一起的男女让观众对这两人的爱情故事充满了期待。接下来，当两个相爱的人，炽热的爱恋慢慢变得平淡时，一切矛盾接踵而来。
林东峻已经看过很多次这部片子了，依然为两位主演的表演感到兴奋，很多人也沉迷在两人的精彩表演中。
当然影片中不止是通过两位主角讨论爱情，而且，还通过助手钟雪和上司博士、孙海平和钟雪、刘杰和林秋、男主角张北的父母、博士夫妻等人讨论了各种爱情、婚姻、家庭等在不同阶段不同时间的矛盾冲突。
整个故事中导演利用蒙太奇表现张北的意识与潜意识的对抗，所有故事被设定在人的“记忆”中发生，剧情在一种近乎迷幻的氛围之中，时空混乱、镜头凌乱、抖动，画面琐碎......几乎是没有什么场面有头有尾。但是观众却没有丝毫觉得支离破碎，相反，整个剧情几乎是一气呵成。
这里面看电影的很多都是资深影迷，不少人随着剧情的推进，越发对故事的结尾期待起来，前面导演已经给了很多细节的暗示，那么接下来，结尾是怎么样的呢？
张北想要保留住林秋在自己记忆中的美好片段，对平凡的他来说，林秋像阳光一样照进了他黯淡的生命，带他进入了一个另一个充满奇幻、美丽、非凡的世界，可是最终在悔恨中，他们还是被机器找到了，他的记忆还是被删除了。
最后的记忆时刻，在两人最初相遇的滨海海滩上，林秋告诉张北，“记得到滨海来找我。”然后手术结束，张北记忆中关于林秋的一切都消失了。
于是，在2000年的情人节，他怀着一种难以解释的潜意识，重新来到了滨海海滩，遇见了同样而来的林秋。但是，他们都已经认不出对方了。
这里开始照应影片开始17分钟的倒序内容，很多人看到这里才恍然大悟，也明白了张北为什么不符合常理的无缘无故翘班去滨海，两人在海滩上相遇为什么有熟悉感。
两人在火车相遇之后，又有了浪漫的冰上约会，这好像又是一个不错的开头。不过很快，张北开车送林秋回自己家的路上，林秋意外收到了一封来信，她在车内播放了信封中的录音带，录音带里是林秋在“空白读档公司”里倾吐对于张北的厌恶。
而很快张北也收到了同样的信封，里面的录音带里是他曾经对林秋的吐槽。
林秋无法忍受录音带里张北对她的羞辱，转身离开，张北冲出房门追上她。林秋觉得即使重新相爱一次，对方依然会因为她的浑身缺点而觉得乏味和不自由。
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