清朝对林丹汗亦持否定评价。清人魏源称林丹汗“有宋康（宋王偃）、武乙之暴”。[32]
蒙古传统史书对林丹汗评价很低，如《水晶鉴》称其“无道”、《蒙古源流》称他“心中生嗔，而化六国为乌有”，总之是一个横行无忌的暴君形象。他与绰克图台吉、藏巴汗、白利土司月顿多吉被蒙藏史书贬为毁灭黄教的“四恶汗”。这显然是出于黄教史观得出的结论。林丹汗得到差评的另一个原因则是他在统一蒙古的过程中损害了许多蒙古封建主的利益，导致众叛亲离，最终归于失败，话语权落在了作为胜利者的满人和蒙古封建主那里。当时，蒙古封建主纷纷向后金控诉林丹汗的罪恶，其中一个写道：“因这个罪恶的察哈尔汗性情暴躁，对众人危害极大，即使是宗族至死至穷绝不会归附他的缘故就在这里。”[33]
近现代以来，林丹汗在蒙古的评价得到极大改观，认为他是一个志在恢复成吉思汗霸业、将一盘散沙的蒙古复归统一的英雄之主，又坚决不向后金投降，显示了蒙古民族的气概。如乌兰夫称他为“反抗异族压迫的英雄”。[34]蒙古人民共和国学者则肯定林丹汗“对满洲的侵略计划曾经表示坚决地反对”“企图对于所属各部实行强有力的集权，并且建立起一个在他控制下的统一独立的蒙古”。[35]
日本学者萩原淳平对林丹汗评价较高，认为他怀有富国强兵、复兴蒙古帝国的梦想。同时指出“蒙文资料，除有关喇嘛教的以外，就是曾受过林丹汗的压迫、持有被害者立场的人们所写的资料。清朝的资料是出自这种立场的资料：即以其与明朝的战争为主，使蒙古不妨碍他们的行动，并尽量把蒙古拉入自己一方，以便更有利地贯彻对明朝的政策。而明朝的资料则是反映这种立场的资料，即：在对□□哈赤的战争中将蒙古拉入自己一方，以利于战斗，如有可能则挑起□□哈赤与林丹汗之间的战争，使其两败俱伤。”总之，反映林丹汗一方立场的史料的缺失是造成林丹汗未能得到正确评价的原因。[36]
中国学者戴鸿义认为“林丹汗对内实行统一漠南各部、重树宗主大汗的权威，对外实行联明抗金，以挽救危局，竭力维护北元政权和蒙古民族的利益，是比较符合实际的。但是，林丹汗辜负了北元人民所寄于的期望……林丹汗统辖的北元地区，以单一的游牧经济为基础，缺乏雄厚的实力，没有强大的物质力量做后盾，他更无坚实的群众基础，‘诸部各自称雄’‘傲然不理’，在明与后金的进攻面前，其统治区域内毫无任何的防御部署，只能实行消极的逃跑主义，‘君一怒而失国，众一怒而破城’，对内对外政策的错误，树敌过多，必然使他的志向未成而‘报恨终身’”。[37]
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