枢密使这一官衔在唐太宗时就设置了，但唐代的枢密使只负责管理军事情报，机密情报之类，由宦官兼任，直至五代时还保留这个官衔。宋太祖为了消除军阀割据的隐患，同时，枢密使的设立又可以削弱宰相的权力，也是强化皇权的重要措施。
所以，元丰改制后，枢密院照样保存下来，但是北宋的枢密使与中书的关系都极不正常。时人曾言：枢密使每朝奏事，与中书先后上，所言两不相知，以故多成疑贰。枢密院官虽曰掌兵，亦未尝不兼任宰相之事。宋神宗的御史滕达道也说，战守安危之所政，中书主打，枢密使主守，这样怎么能取胜呢？明确指出这种互相牵制所造成的殆误军国大政的弊端。
到了南宋高宗接受了这一教训，为了对付经常性的对外战争，不得不实行兵政合一，设立“平章军国重事”这一官衔。在此后的一段时间内，这种兵政合一的措施确实起到了稳定战局的作用，但是随着御前护军的壮大，军将权力过大的弊端又重新显现，甚至发生兵变将高宗赶下台，因而又设法收取领兵军将的权力，并以宰相兼任枢密使。
不过南迁之后战事不断，历代皇帝只能设置督抚镇守前线要地，因此也不得不通过放权、收权，甚至频繁换将来控制军队。但依然未能阻止军事集团的形成和扩张，以致形成尾大不掉之势，他们在各自利益受损后，便不顾国家利益叛降，从而导致整个防线的崩溃，并助纣为虐成为灭宋的主力。
赵昺知道要想彻底解决问题只能通过制度，而不是人治。可也清楚自己只是历史的搬运工，让他做一个好工匠完全没有问题，但是处理这种军国大事还真不在行，且自己前世根本没有这方面的经验，要主持并进行这么大的机构调整还真没有底儿。
不过赵昺也明白若是不能解决这个问题，自己的地位终归不稳。而当前行朝尚处于混乱和初建时期，各派势力相对于较弱，并且要依附自己才能生存，因此也是调整机构的最佳时期，一旦错失这个窗口期将更加困难。所以他决定即便此次革新存在不合理的地方，也要坚决的搞下去，将基本原则定下来再逐渐完善。再说了在中国人民的智慧面前，制度什么时候都是有空儿可钻的……
在赵昺改革后的枢密院的主要职责类似于现代的参谋部，其主要职责用一个词表达就是——打仗。制定国家的最高军事战略；决定战时人力和物力资源的分配使用；向皇帝和中书省提供军事决策方案。作为“最重要的军事顾问“，枢密院有包括制定军事战略、指导国防预算、作战及联合演习计划等，分享兵部的部分职权，并可以直接向皇帝陈述自己的主张。
从职权方面来讲枢密院失去了军政方面的权力，但是从行事权力方面来说，其主官由武人担任，避免了士人的擎肘。且枢密使可以向皇帝直接表述自己的意见，而不必向从前那样局限于文人们的臆想之下，制定些掺了水的作战计划，受制于宰相的权威之下。
提高武人的地位赵昺不仅是从嘴上说说而已，在组织结构上将枢密使的品级定为从一品，要知道大宋朝最高军事主官太尉才是二品官，这样一来枢密使的地位虽然低于左、右相，但是也高于参知政事和一应尚书。为了体现这种地位，枢密院副职都是二品，下属的一级部门主官都是部级待遇从二品，与兵部尚书同级。别的不说起码薪俸高了一截，殿上排班时都要靠前站。
赵昺计划在枢密院设置司令部、军事情报部、军需部及佥事判官厅、职方司、参议司和督抚司。
司令部与兵部军种部相对应，下设步、骑、水、炮四个指挥部，分别负责制定各个军种的作战计划，战斗指挥、整补、核定等事宜；军事情报部便是原来的主管机宜文字和兵部的谍报司，职能未变，换了个现代感的名字；军需部则是负责制定甲仗器械的使用配置计划，新式武器的研发和推广、研究战法和战术应用。另外还在战时指挥辎重军的工程部队，指导筑城和修建工事。
佥事判官厅是常设机构，负责枢密院的日常工作，相当于现代的综合办公室；职方司是从兵部端过来的，仍然负责地图的绘制和地形勘测；参议司就是个储才之地，相当于现代的军事委员会，他们的作用主要是平日协助枢密使制定战略、战策，对作战计划提供意见，战时可从中挑选领兵的将帅；督抚司此时只是空设，是为了指挥管理各战区预备的。
至于战区的重新调整划设，赵昺现在还没有想过，当下只有琼州这点地盘，也没有必要划分。而将来面对的却是整个沦陷区，不仅地理区域广大，且形势复杂。即使是抛开地域概念，按照未来战争可能发生的方向来划分，而面对的战争存在着大宽度、大纵深的特点，一次大规模局部战争爆发可能要动员全国半数地区的军事相关机构，所以还需细细谋划……
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