新朝廷将军政彻底分开了，虽然兵部仍旧是文官管理，但负责的基本是事务，而真正练兵、行军打仗，全都要靠武官了。八旗体制既然废除，那么等于清国军制需要重新制定，绿营什么的也没有存在的必要了。
同样仿照一部分大唐体制，清朝的军事制度也进行了大改革。首先，清军在编制上进行改造，五人一伍，十人一什，这种基层建制没有变化，不过伍长从属于什长，实际上什长就相当于班长了。往上基本上为三三制，三个什为一排，三个排加连部组成连，连为百人规模。三个连组成一个营，三个营组成一个标，标为千人左右的规模，比大唐步兵团要小一半。然后三标为一协，三协为一镇，也就是师级部队，规模万人左右，极为标准的三三制。
不过在军官称为上，还是保留了大批原先清军的称号。连长被称为连总，营长被称为营总，标长官为标统，协长官为协统，镇长官则仍旧是总兵。
战时可能会将若干镇的部队组成一个军，军的规模不定，依需求而变化，最高长官为都统。
清军也开始使用军衔制，一开始朝廷官员们和永琰还想搞些大清特色，不过由于未来这支清军肯定在某些程度上会与唐军存在合作，所以白南直接否了他们提议，用全球通用的将校尉的三级体制框住了新军。从少尉排总、中尉连总、上尉营总，到少校标统、中校协统、上校总兵。都统为少将，中将为方面军总司令，上将则为战区总司令、军种司令、总参谋长等。
后面这些将军自然一时还用不上，因为实质上现在朝廷直属之下，是没有清军的。
大唐的团长是上校衔。手下才一千五百人，而清军的总兵手下一万人，也同为上校衔。这个怎么看都是有问题的。不过里面却充满了唐人的考虑，不提清军的镇战术单位其实跟唐军的团级部队差不多。而未来如果真的有联合的作战，白南是希望以大唐的上校团长，制清军的上校总兵的，所以职衔上必须跟唐军军官平级或者矮一级。
这里就不得不提一支特别的部队了，那就是以绿营降兵和直隶良家子弟组成的武卫军了。在先前的战争中，唐军消灭了十余万八旗和绿营，其中一部分绿营已经接受改造和改编，进入武卫军。而另一部分没有接受改编的，则连同自己的家人，也就是军户，准备移民到大唐本土了。这些绿营军户总数在五万人左右，携家带口，基本属于半强迫迁移的，不过情绪大体还都比较稳定，因为军户都得到了一笔安家费和一些食物供给，也拿到了一些地契。不过绿营军户的授田要略少于自愿移民，一人八亩。这个也是为了进行区分。
五万军户的迁移，是国内的强烈要求，劳动力的短缺使得国内要求白南想办法。将一切可能迁移的移民送往国内，白南就顺手将那些不积极加入武卫军的军户一并迁移过去了。直隶本地也有一些人想要出洋，不过相对较少，比起广东客家人，北方人相对来说更传统保守，不过人口基数在这里，也是比较可观的人口了。
武卫军一共编制了三万人出头，正巧是三个师。在其定位上，最终白南确立了一个原则。那就是，武卫军名义上受大清朝廷和大唐的双重领导。但实际上由大唐方面负责其训练、指挥，军费等各项开支由大唐支付。这样一来。武卫军嘴里喊着要为大清效忠，但实际上是吃唐人的粮，事到临头听谁的，不言自明了。
而且，现在武卫军全体上下，一条辫子也没了，永琰和新朝廷对于这支号称是大清第一支新军的力量，绝对没有几分真实的信任。不过武卫军此时仍在训练之中，远总指估计至少还需要二到三个月的时间，武卫军才会拥有初步地战斗力。
此时也不得不提一个问题，白南勾画的未来大清新军，绝对不是一支近代化的军队，武卫军这个伪军且不提，绝大部分的清军，仍旧会是一支以冷兵器为主的部队。可能白南会“善心大发”，给一镇的清军配备大约500到1000支sc-2火枪，甚至会有sc1776型线膛火炮18门，但是本质上它不会是全火器化的部队，而是冷热兵器结合的特殊部队。
白南不会傻到给自己找麻烦，他如果用sc-2火枪和sc1776火炮将清军装备成一支全火器化的近代军队，就算其战斗力有限，那么对于唐军来说，再也不可能出现京师事变那样，唐军一动而清军兵败如山倒的局面了。
当然，完全不给新军装备火器又是不可能的，因为原本的清军就装备了大量的火器。一方面，一定的火器销售符合大唐军工业的利益，美国人、法国人、英国人现在都仿制出了一些类似大唐出口的线膛火枪，清国从大唐这里买不到，自然会求到欧洲列强那里。京师事变基本上给了清人一记当头棒喝，一波开眼看世界的新潮流，白南已然可以预料得到。
另一方面，大唐本身的武器进步水平更快，而装备大约相当于19世纪中期火器的清军，绝对没法全面像二战时期武器水平看齐的唐军一样有战斗力。大唐的机械化军队，可以做到完全的碾压。即便是清军耍花招，截留平均分配给各镇的武器，装备个一支特殊军队使用，打造成像武卫军那样，也绝对没法在猛虎团、雪豹团这样的军队面前支撑多久。
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