与“外藩”和“一门”对应，平手幕府的直属家臣，惯例被称作“谱代众”，他们的知行由家禄、勋禄、职禄三者组成。
所谓“家禄”就是一般意义上的知行领地，子承父业，世袭罔替，作为家族的产业不断延续下去，只要不曾绝嗣或者犯错被改易，便可以一直持有。与以前唯一的区别就是，规定家臣在指定的城里集住，土地另有人代为照料。
跟随初代将军创业打天下的家臣都会按照身份地位和功劳资历，分到各自大小不等的“家禄”。但幕府稳定之后，再想获得“家禄”的加赠就会十分困难了，必须是有非常突出的特别贡献才可以。
毕竟扶桑的土地就这么多，没可能无限分封下去的。
那么，在和平岁月里为幕府勤勉工作，立下苦劳，但又达不到封荫子孙那个程度的，便颁发一些称号、徽章、感状、武具来予以精神层面的表扬，并赐予相应的“勋禄”作为物质奖励。
因此就好理解了，“勋禄”的知行只与个人的勋位有关系，不管数目有多高，理论上当事人死去之后也就没了。不过实际操作当中，平手泛秀打算制定一个“降等继承”的原则。
倘若某人因为长期的侍奉获得一万石“勋禄”，当他死的时候，就发布“特许恩赏令”，允许其子嗣继承五分之一，也就是二千石。如此类推，到第三代就是四百石，第四代就是八十石，直到最终算出来结果小于一石，才彻底取消。
当然，前提是子孙有模有样。
这个“特许恩赏令”是否成立的决定权始终保留在幕府手里，并不是百分之百通过的。
最后是“职禄”。
顾名思义，“职禄”跟职位是一一绑定的关系，相当于岗位工资。任何人只要在职，就能领取，一旦离职，便立刻停止发放。
十六世纪的扶桑，毕竟还有相当浓厚的“封建残余”，集权大一统程度尚浅，无法从民间获得足够的基层文官候选，所以高级武士身边的随从、幕僚往往不是“国家工作人员”而是自行聘用的私臣。
在平手泛秀的预想里，将来幕府是要任人唯贤，择才录用的。倘若有寒门出身之人被提拔到高位，但无法负担相应的排场和人员规模，导致工作不力，那不是很尴尬吗？
所以才特意设定了“职禄”，保证上岗的人都不会受此困扰。
同时也能让中下层的谱代家臣们更有进取心。
另外，任何人如果无病无灾，正常退休的话，取消“职禄”的同时都会给予一些“勋禄”当作是养老金。倘若工作成果特别巨大，或者是英勇作战牺牲在任上，甚至有可能额外给予一些“家禄”。但是，那些因为能力不足，或者渎职、贪墨、违法之类原因撤职的，就不会得到任何补偿。
“勋禄”和“职禄”也对应具体的土地范围，但其持有人跟土地之间的关系就更远了，跟传统理解的“采邑庄园”差别已经极大。
制度宣布以后，平手泛秀等不及正式制作书状，亲笔起草了文案，任命河田长亲为幕府首任的“笔头家老”，享受家禄十万石，勋禄十万石，职禄五万石的待遇。
仅仅两日之后，这位首任笔头就手握着重逾千钧的恩赏文书溘然长逝，含笑九泉。
平手泛秀颇为哀痛，特许让河田长亲年仅六岁的幼子“松竹丸”继承了家禄十一万五千石，勋禄五万五千石，共计十六万石的知行。并根据其遗愿让河田家族亲五人独门立户以谱代身份侍奉幕府。
以此为标准，服部秀安、岩成友通、中村一氏、浅野长吉、本多正信、伊奈忠次、拜乡家嘉、细川藤孝、山内一丰、木下秀长、小西行长、加藤光泰、前田玄以、板部冈江雪斋……等数十人获得万石以上家禄，被认为是“大身谱代”。
家禄在一千石到一万石之间的约二百三十人，百石到千石之间的约八百人，加起来一千多个家臣，坊间习惯说“中身”或者“中位”、“中味”之类。
获赐百石以下家禄的共有七千四百人，对这类人民间产生了诸多俗称，“小身”，“小者”，“小味”或者“下侍”，“末侍”。
此外还有三四万名普通士兵，长期为平手家脱产作战，却一直没能出人头地，始终是小卒。他们的身份不同于铁饭碗的武士阶级，但也不是纯粹的雇佣人员，允许世代继承兵役并持续领受大约等同于二十几石武士的待遇，如果没有合适的男性后代顶替则一次性给予财产，转为农商工行业。这些人的所谓“知行”是没有对应到具体真实土地的，由中枢财政拨款支付，可算是“虚拟领地”。
幕府的组织从上到下划分了许多部门。
围绕在将军身边，协助共同处理国政大事的，从上到下依次是笔头、宿老、家老、传奉众、侧近众五个级别的家臣，组成权力核心“年寄众”，负责做出决策，向外传递。
其下设立二十余个重要部门。包括专门起草政令文书的佑笔众，管理军队行政的军奉行众，与朝廷沟通的禁里公家相谈众，在列国间游走的巡查众，负责维持道路和信函的传马众……甚至有公开监督天下武士的目付众，和私下作为耳目存在的暗部众。
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