直到汉灵帝中平元年（184年），黄巾起义爆发，曹操被朝廷拜授为骑都尉，受命与左中郎将皇甫嵩等人合军进攻颍川的黄巾军。
曹操引兵奔驰抵达长社，正值贼众败走，乐得乘贼危急，截杀一阵，黄巾军贼众心慌意乱，哪里还敢对抗敌方？但得冲开死路，连忙抱头窜去，曹操挥兵杀贼多人，夺得旗鼓马匹，不可胜计。待至残贼尽遁，皇甫嵩亦领兵赶到，与曹操相会，自然欢喜融洽，当下联合士兵追伐黄巾贼军队，长驱直进，朱儁亦到来会师，三路兵士联成大队，逐赶黄巾贼军出境；波才等人收众再战，复为官军所败，击毙至数万人，颍川乃平。
皇甫嵩上表告捷，朝廷有诏封皇甫嵩为都乡侯，皇甫嵩益加感到亢奋，邀同朱儁和曹操，进发讨伐汝南陈国诸贼；贼目波才，方才逃至阳翟，打家劫舍，抢夺民粮，一听闻皇甫嵩等人又追到，慌忙集合众军对抗敌方，已经是来不及，皇甫嵩、朱儁、曹操三面兜拿，得将黄巾军残贼剿灭净尽，波才无路可奔，眼见是妻子就戮了。幺么小丑，有什么好结果？
皇甫嵩等再次奔驰抵达西华，适有贼军头目彭脱，在该地猖獗害民，未曾经过大敌，冒冒失失，来与皇甫嵩等接面对仗，交战至一二时，已被皇甫嵩等捣破阵势，纷纷溃败而散，皇甫嵩下令招降，贼多匍匐乞命，彭脱见不可支撑，于是夺路遁去；汝南陈国诸贼众，俱来至皇甫嵩军营门前投降示诚，两郡又平。
皇甫嵩上书于朝廷言状，将首功让于诸朱儁，并言曹操亦杀贼有功，这是皇甫嵩为人的好处。朝廷于是加封朱儁为西乡侯，赐号镇贼中郎将，迁升曹操为济南相；复令皇甫嵩讨伐东郡，朱儁讨伐南阳，曹操赴济南任事，于是三人受诏，分途告别。
是时北中郎将卢植，连破张角，斩获至万余人，张角走保广宗，由卢植追至城下，筑围凿堑，造作云梯，正拟誓众登城，为歼灭贼军之计；不意都中来了小黄门左丰，赍着诏书，来视看卢植军队，卢植瞧他不起，勉强迎入，淡淡的酬应一番，小黄门左丰含有怒意，匆匆告辞离开，或劝卢植厚送赆仪，卢植摇首不答，听令还都。
左丰星夜驰归，入宫面见汉灵帝刘宏，说道：“广宗贼容易破灭，可惜卢中郎固垒息军，连日不动，臣看他是要留待天诛了！”
汉灵帝刘宏听了这话，不禁怒起，立刻派朝使带着槛车，拘拿卢植入京都，另外调河东太守董卓为东中郎将，代卢植后任。
说起这个董卓，本是陇西郡临洮县（今甘肃岷县）人，表字叫作仲颍，素来性格粗猛，兼有膂力，平时能带着两鞬，左右驰射。鞬即是弓袋。
董卓父亲董君雅在担任豫州颍川郡轮氏县尉时，生下了董卓和董旻，所以分别给他们取表字：仲颖、叔颖。
董卓随着父亲的离职而返回家乡，董卓年轻时喜爱行侠仗义，曾经到羌人部落游玩，与很多羌人首领结交，羌人豪士见董卓多力，并皆畏服。后来，董卓回乡耕种，一些羌人首领来看望他，董卓和他们一起回家，把耕牛杀掉款待众人。羌人首领们非常感动，他们回去后凑了上千头各种牲畜赠送给董卓。
董卓成年后，就在陇西郡官府担任官吏，负责地方治安。当时，胡人经常骚扰边境，劫掠百姓，凉州刺史成就征辟董卓为从事，董卓领兵大破胡人，斩获千计。并州刺史段颎将董卓推荐入朝廷公府。
汉桓帝末年，董卓担任羽林郎。董卓有武艺，力大无双，擅长佩戴两副箭囊，骑马飞驰的时候，可以左右射击。
延熹九年（166年），鲜卑人入塞，与叛乱的羌人联合，对抗东汉朝廷。当时朝廷拜张奂为护匈奴中郎将，负责平定幽、并、凉三州叛乱。而董卓大概是此时出任张奂的军司马的。当时永康元年（167年）冬天，叛乱的羌人进犯三辅，张奂派军司马董卓、尹端大破之，斩其首领，俘虏万余人。次年，张奂班师回朝。董卓因功拜郎中，赏赐九千匹缣，董卓慨然道：“我得叙功，全靠军士。”乃将缣分赏军士，一无所私。后来如何专欲自恣。董卓全部分给下属官吏和士兵。（此事见前文第579章的 战平羌种，网殄名流。）
当时董卓一无所私。后来如何专欲自恣？
嗣董卓出任并州刺史，转为河东太守，至是奉诏为东中郎将，持节至广宗军营。军中因卢植被拘拿，心怀不服，再加上董卓颐指气使，满面骄傲倨然，越使军心生贰，不愿效劳；黄巾头目张角却从城中突出，来攻打董卓，董卓麾兵与战，兵皆退走，董卓亦禁遏不住，只好返奔；却被张角追至下曲阳，夺去了许多辎重，满载还城，留弟弟张宝屯守，与董卓相拒。董卓自知不敌，没奈何上表乞师，汉灵帝刘宏严旨谴责董卓，勒令罢职，特遣皇甫嵩进兵讨伐张角。
皇甫嵩正进军剿战东郡，生擒黄巾贼卜己，斩首七千余级，荡平郡境，既而接到朝廷诏命，移军讨伐张角，便兼程驰诣广宗。张角得了重病，不能起床，既然善符水药剂，奈何不自医？可是当时所谓南华仙人的警告应验了吗？
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