却说晋安帝复辟逾年，追叙讨逆功绩，封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成郡公。一国三公，恐刘裕未免介介。此外亦各有封赏，不胜枚举。
独殷仲文自负才望，反正后欲入秉朝政，因为权臣所忌，出任东阳太守，心下很是怏怏。
殷仲文年轻时就有才华，容貌俊美。堂兄殷仲堪将他推荐给会稽王司马道子，司马道子随即任用他为骠骑参军，赏赐优待有加。不久改任谘议参军，后来任司马道子的儿子司马元显的征虏长史。
当初在元兴元年（402年），桓玄起兵谋反，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子，殷仲文因此受到怀疑，而被人离间，降职为新安太守。
殷仲文与桓玄虽是亲戚，但平素交往不密切，听说桓玄占据京师建康（今江苏南京），便放弃自己所辖的新安郡，前去投靠桓玄，桓玄非常高兴，任命殷仲文为证议参军。
当时王谧被礼遇而不被亲近，卞范之被亲近而少礼遇，而殷仲文被桓玄宠信并以隆礼相待，兼有给予王谧、卞范之的优待。元兴二年（403年），桓玄将要篡位，命令殷仲文总领诏命，担任侍中，兼任左卫将军。桓玄受九锡之赐，乃是殷仲文写的诏令。
在东晋元兴二年（403年）十二月，桓玄篡位称帝，建康宫的卧床突然下陷，群臣大惊失色。殷仲文说，桓玄是因圣德深厚，大地托载不了。桓玄听后非常高兴。
桓玄以殷仲文为辅佐自己的亲近显贵之人，厚加封赏，车马器用服装，极尽华丽，后房中歌舞伎女加妻妾共有数十人，丝竹之音不绝。殷仲文生性贪吝，收受了许多贿赂，家中积累了千金财产，还常嫌不足。桓玄被刘裕打败，殷仲文随同桓玄西逃，他的珍宝玩物全埋藏在地下。到了巴陵，殷仲文因护送二位皇后投奔义军，而担任镇军长史，又改任尚书。
元兴三年（404年），殷仲文代替桓修担任徐、兖二州刺史。同年五月，桓玄兵败被杀。
义熙元年（405年），晋安帝司马德宗刚刚复位，殷仲文便上表为自己辩解，请求辞职，晋安帝则下诏不许。
义熙三年（407年）二月，殷仲文自认很有才智声望，认为自己应当管理朝政，但始终没有实现自己的志向，所以一直闷闷不乐。后来出京担任东阳太守，就更加不高兴了。
江州刺史何无忌平常就很是敬慕殷仲文的名气。当时东阳是在何无忌的管辖之内，殷仲文答应在顺路时去拜访何无忌，何无忌非常高兴，谨慎恭敬地对待此事。命令府中的文人殷阐、孔宁子等撰写文章，以等待殷仲文的到来。但是，殷仲文因为官场失意，常常神情恍惚，所以才没能过来相见。何无忌认为殷仲文这是瞧不起自己，大为恼怒，想要中伤陷害殷仲文。正好此时，南燕皇帝慕容超进兵侵犯东晋，何无忌便对刘裕说：“桓胤、殷仲文是我们的心腹大患，不可不除，而北方的强盗却不必担心。”
刘裕闻言，心以为然。闰二月，刘裕官府的将军骆冰阴谋制造叛乱，事情被发觉，刘裕把他杀了。于是，他们声称骆冰和殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖等人在暗中互相勾结，打算拥立桓胤为盟主，所以把这些人连同他们的家族，全部杀掉。
司徒兼扬州刺史王谧病殁，资望应由刘裕继任。刘毅等人已是忌惮刘裕，不欲他入朝辅政，于是拟令中领军谢混为扬州刺史。或恐刘裕出来反对，谓不如令刘裕兼领扬州，以内事交付孟昶。
晋安帝司马德宗不能决定建议，特遣尚书右丞皮沈驰往丹徒，以二人商议谘问刘裕。用人必须下问，大权已然旁落了。皮沈先见刘裕记室刘穆之，具述朝议。
刘穆之听后就假装如厕，暗中告诉刘裕不可顺从皮沈带来的两个建议。刘裕与皮沈见面后就召来刘穆之询问原由，刘穆之则说晋朝经历过司马道子乱政及桓玄篡位后，天命已移，刘裕以今天的功勋和地位已经是退不下来的了，而刘毅等人其实并不是心服在刘裕之之下，终会有一番争斗。
刘穆之又表示杨州是根本之地，不可以由他人掌握，若果放弃就必会受制于人，权柄一失亦不可再拿回来，要刘裕以议题重要为由，亲身入朝讨论，以稳取扬州刺史的位置。最终刘裕听从，亦顺利接任扬州刺史、录尚书事一职，掌握了中枢权力。
为刘裕设计，恰是佳妙，但亦如许攸、荀彧之徒。
刘裕极口称善，遂遣归皮沈，托言入朝面决。皮沈回京复命，果然朝廷生畏，立即下诏，征刘裕为侍中扬州刺史，录尚书事。刘裕又佯作谦恭，上表解兖州军事，令诸葛长民镇守丹徒，刘道怜屯戍石头城，又遣将军毛修之，会同益州刺史司马荣期，共同讨伐谯纵。
谯纵乃系益州参军，却擅自杀死刺史毛璩，自称为成都王，蜀中大乱。
晋朝廷简授司马荣期为益州刺史，令其率兵讨伐蜀乱。司马荣期到了白帝城，击败谯纵之弟谯明子，再拟进师，因恐兵力不足，上表奏请缓应。刘裕于是再遣毛修之西往。毛修之入蜀，与司马荣期相会，当令司马荣期先驱，自为后应，进薄成都。
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