但多尔衮早已料到明军会有此举动，下令预先埋伏在村外的骑兵发起冲击，候拱极的骑兵部队陷入清军包围。双方骑兵在村外平原展开惨烈厮杀，马刀碰撞声清脆刺耳，鲜血染红了冻土。
候拱极虽奋勇作战，但清军骑兵人数数倍于明军，且马术精湛，关宁军骑兵渐渐不支，伤亡过半。
村内战场同样陷入胶着，刘肇基率领明军与清军逐屋血战，身上多处负伤仍坚持指挥。明军火器虽威力十足，但弹药有限，激战半日后续弹不济，只能以刀矛与清军对抗。清军则凭借人数优势，不断向村内渗透，明军防线节节败退。
据《兵部为查明广平府交战伤亡等情形事题行稿》记载，此战中“遇虏大队突至，随即驱兵奋击，虏骑怯兵后退，头阵实多斩获”，可见明军在初战时凭借顽强抵抗与火器优势，确实给清军造成了不小损失。
然而，清军毕竟兵力雄厚，且战术灵活。多尔衮见明军已筋疲力尽，下令发起总攻。
清军士兵如潮水般涌入村内，明军士兵虽仍在顽强抵抗，但已无力回天。候拱极在突围过程中被清军骑兵包围，力战殉国；刘肇基率领残部拼死杀出重围，向临清方向撤退。夕阳西下时，新庄之战终于结束，村落内外尸横遍野，鲜血浸透了冻土，寒风中弥漫着浓重的血腥味。
战后清点伤亡，明军付出了惨重代价：阵亡六百六十二名，重伤二百一十六名，轻伤一百三十四名，几乎丧失了战斗力。
清军虽也有千余人伤亡，但相较于其庞大的兵力基数，损失并不算大。这场激战成为明军运河防线的一次重要抵抗，虽最终失利，但明军士兵在战斗中展现出的勇气与血性，在这留下了一个传奇。
刘肇基率领残部撤至临清后，监军太监高起潜得知新庄之战的惨状与候拱极的殉国消息，又惊又怕。
高起潜本就贪生怕死，手中虽握有数万兵力，却早已被清军的兵锋吓破了胆。此前，高起潜奉命总督各路援军，却始终徘徊不前，如今见关宁军精锐尚且惨败，更是不敢再主动出击，当即下令紧闭临清城门，加固城防，无论城外明军如何求援，均坚守不出。
临清作为运河沿岸的重要重镇，囤积了大量粮草与军备，高起潜的龟缩不前，使得清军左翼军得以毫无顾忌地南下，运河防线的缺口彻底被打开。
十二月二十日左右，多尔衮率领清军左翼军主力抵达运河西岸。此时，明军运河防线已因新庄之战的失利与高起潜的避战而土崩瓦解，清军顺利东渡运河。
渡过运河后，多尔衮下令兵分两路：一路由准塔率领，攻掠山东北部的武城、夏津、高唐、平原等州县，掠夺粮草财物，破坏明军后方补给；另一路由自己亲率，直奔山东首府济南而去。
清军一路势如破竹，所到之处，明军州县守军或望风而逃，或开城投降。武城、夏津等城仅数日光景便相继沦陷，清军在这些州县烧杀抢掠，无数百姓流离失所，千里沃野化为焦土。
而多尔衮亲率的主力部队，则沿着运河一路南下，于次年正月抵达济南城下。此时的济南城，守军仅有数千人，且多为临时招募的乡勇，根本无法抵挡清军主力的猛攻。
新庄之战的失利，不仅让明军损失了一支精锐边军，更重要的是打破了明军的运河防线，为清军南下攻掠济南铺平了道路。此战暴露了明末明军指挥体系的混乱、将领的畏战避战以及兵力部署的不合理，而清军则凭借其灵活的战术、强大的战斗力与统一的指挥，在华北平原上如入无人之境。
这场发生在丘县新庄的激战，虽规模不及松锦大战、山海关之战等重大战役，却成为明末清初军事格局演变的重要转折点，它标志着明朝北方防御体系的彻底崩溃，也为清军日后入关、统一全国埋下了伏笔。
数百年后，当我们翻阅《巡抚山东颜继祖谨题为塘报夷情事》《兵部为查明广平府交战伤亡等情形事题行稿》等明清史料，字里行间依然能感受到当年新庄之战的惨烈与悲壮。
那些为保卫家园而战死的明军士兵，用鲜血书写了军事史上的最后一抹亮色，也让我们得以窥见那个王朝覆灭前夕，军事、政治与社会的重重危机。
而多尔衮与他的左翼军，则在这场战役后，继续向着济南挺进，将战火进一步蔓延至山东腹地，明末的历史车轮，在这场寒风中的激战过后，加速驶向了终结的终点。
清军的持续入寇成为压垮大明王朝的重要稻草，不仅严重冲击了北方边境的防务体系，更直接加剧了国内农民起义的燎原之势，将本就风雨飘摇的明朝推向了覆灭的深渊。
彼时，清军频繁突破山海关防线，在辽东、畿辅乃至山东等地烧杀劫掠，所到之处，城池残破，田园荒芜，无数百姓被迫逃离家园，沦为流离失所的难民。这些难民遍布南北各地，衣食无着，处境凄惨，而明朝政府却因边防吃紧、国库空虚，根本无力筹措足够的粮款安置他们。
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