孙恩其人，性情颇为残酷，所到之处往往血流成河，百姓苦不堪言。然而，身为妹夫的卢循却与他有所不同，时常对孙恩的残暴行径加以劝谏制止。正因如此，许多人在那场动荡之中因卢循的劝阻而幸免于难，得以保全性命。
推为首领
元兴元年（402年）三月，孙恩兵败自杀，孙恩的残余部众数千人推举卢循为首领。当时，太尉桓玄打算用安抚的手段使东部地区的局势稳定下来，于是，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命，但是却依然为非作歹，行劫施暴。同年五月，卢循从临海进犯东阳，桓玄派遣抚军中兵参军刘裕带兵进攻卢循。卢循失败，逃往永嘉。
占领广州
元兴二年（403年）正月，卢循派他的姐夫司马徐道覆进犯东阳。二月，建武将军刘裕率军击败徐道覆。八月，刘裕在永嘉打败卢循，乘胜追击卢循到晋安，再次将他打败。卢循形势窘迫，于是渡海向南逃走。九月，卢循攻打广州南海郡的治所番禺（今广东广州），广州刺史吴隐之率军固守抵抗。十月，卢循夜袭攻陷番禺，抓获吴隐之，将城中府舍、民居焚烧殆[dài]尽。卢循于是自称平南将军，自己主持广州事务。卢循下令聚集焚烧数万死者遗骨，共同安葬在洲上；并派徐道覆攻打始兴，抓获始兴相阮腆之。
进贡授官
义熙元年（405年）四月，卢循派遣使节前往东晋都城建康（今江苏南京）进献贡品。当时东晋朝廷刚刚诛灭桓氏，内外多事，没有时间前往征讨卢循。四月二十一日，朝廷任命卢循为征虏将军、广州刺史、平越中郎将，徐道覆为始兴相。卢循赠送给刘裕益智粽，刘裕回赠给他续命汤。
卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞游说卢循道：“王诞我本来不是军旅出身，留在这里也没什么用处。我一向被刘镇军厚爱，如果能够回到北方去的话，一定会得到他的委派重用，这样，不管是为公为私，遇到机会，我一定要报答您的厚恩。”卢循认为他说得很对。这时刘裕写给卢循一封信，让他派吴隐之回去，卢循没有听从。王诞又对卢循说：“将军这次扣留吴公，对公对私都不是好计策。孙策岂能不想扣留华歆？只是因为一个地方容不下两个君长罢了。”于是，卢循派吴隐之与王诞一起回去。
兵败自杀
义熙六年（410年），刘裕带兵北伐南燕，徐道覆得知后，便派人劝说卢循乘东晋空虚之机袭击建康，卢循没有听从。徐道覆亲自来到番禺，向卢循游说道：“我们住在这五岭以南的地区，难道你还以为是因为理该如此，并且可以把它传给子孙吗？我们正是因为刘裕力量强大，很难跟他为敌才这样的。现在刘裕的大军集结在坚固的城池之下，什么时候回来还说不定，我们用手下这些希望回到故乡的敢于拼命的士兵，突然进攻何无忌、刘毅这些小辈，不过就像把手掌翻过来而已。不趁这个时机起事，而只是追求一天的平安，朝廷却一直把您当做心腹大患。如果刘裕平定三齐地区之后，让军队休息一二年，再先用诏书征召您进京，随后刘裕亲自在豫章屯兵，派遣几个将领率领部队翻过五岭，即使将军再神机勇武，恐怕也不一定能抵挡。今天这个机会，是万万不可错过的。如果我们抢先攻克建康，把他们的根基全部摧毁，刘裕即使回来，也没有什么办法。您如果不同意，我就要率领始兴的兵众直接进攻寻阳。”卢循非常不愿意起事，但却没有说服徐道覆的办法，因此，只好同意他的意见。
五月初七日，卢循与刘毅在桑落州摆开战场，将刘毅的军队打得大败，一直打到江宁。刘毅扔掉船只，只带着几百名下属步行逃走，剩下的士兵全部被卢循俘虏。他们丢弃的军事物资堆成小山。当初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经北伐回师，还有些不相信。击败刘毅的军队后，才从俘虏的口中得到证实，他和他的党羽们互相对看着面色大变。卢循打算退回到寻阳，攻克江陵，占据这两个州来和朝廷对抗。徐道覆很有胆略和决断力，打算与敌军拼死一战，于是对卢循说应该乘胜直接进攻，并且坚持自己的观点。卢循犹豫好几天，才依从他的建议。
五月十四日，卢循大军抵达秦淮河口，东晋朝廷都城内外戒严。徐道覆请求从新亭进军白石，然后烧掉战船登陆，分几路进攻刘裕。卢循多智谋而少决断，打算以尽可能保险为目的，便对徐道覆说：“我们的大军还没有到，只听见一些风声孟昶便被吓得自杀，根据大趋势来说。敌人自会在几天内崩溃散乱。现在，决定胜负也就是一个早上的事，一味凭侥幸在战场投机取利，既不是一定能战胜敌人的办法，还可能损伤我的士卒，我看不如按兵不动，等他们上来。”徐道覆因为卢循疑心太重而缺决断，于是叹息道：“我终将被卢公耽误，事情一定不会成功。如果我能有幸为一位英雄卖命奔波的话，天下早就平定。”
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