刘裕害怕卢循发动突然袭击，所以采用虞丘进的建议，砍伐树木在石头城和秦淮河口等地全部立起栅栏。卢循把伏兵布置在秦淮口南岸，命令一些老弱将士坐船向白石进发，并声称全部大军准备从白石登岸作战。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，切断通往查浦（一作祖浦）的交通，命令他们坚守阵地，不要轻举妄动。刘裕和刘毅、诸葛长民等向北出兵迎击卢循军。
五月二十九日，卢循火烧查浦，进兵到张侯桥，以伏兵大败徐赤特，徐赤特乘船逃往秦淮河北岸。沈林子、刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石亦率援军赶来相救，卢循军才撤退。卢循带着一支精锐部队急进，到达丹阳郡。卢循不久因攻打栅栏失利，战舰遭暴风吹翻，死者众多。在南岸列阵交战，再次大败。
六月，卢循进攻京口，掠夺各县，但什么都没有抢到，对徐道覆说：“军队出来时间太长，已经疲惫不堪，我看不如回到寻阳，合力攻取荆州，这样我们占据三分之二的天下，就可以慢慢地再与建康的东晋政权争强斗胜。”七月初十日，卢循从蔡州向南撤退回寻阳，留下他的部将范崇民带领五千人据守南陵。七月十四日，刘裕派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩、中军谘[zī]议参军孟怀玉等人带兵追击卢循，自己率领大军随后进击，在雷池打败卢循。卢循想逃回豫章，便拼全力在左里设置栅栏。刘裕命令部众攻栅栏，卢循军队虽然死战，还是不能抵抗住官军。刘裕乘胜进击，卢循单船逃脱，收拢逃散士卒得到一千多人，退还再保广州。刘裕先派孙处从海道占据番禺城，卢循攻城不下。徐道覆退保始兴，依险固守。
卢循袭击合浦，攻克合浦后，进攻交州。到龙编时，刺史杜慧度用巧计战败卢循。
话说那卢循的势力已然丧败不堪，深知自己绝无活路可言。绝望之下，他先是狠心将自己的妻子儿女共计十余人统统用毒药害死，以免他们落入敌手遭受折磨。做完这残忍之事后，他又召集起身边的众多妓妾们，面色阴沉地问道：“如今我已决定自我了结，不知你们当中有谁愿意与我一同赴死？”
听到这话，众人顿时面露惊恐之色。大多数人颤声说道：“就连那微不足道的麻雀和老鼠尚且贪恋生存之乐，叫我们去死，实在是违背人之常情啊！”然而，也有少数几个人表现出决然之意，其中一人慷慨激昂道：“既然官家您都决心赴死，我等又岂敢苟活于世！”
见此情形，卢循眼中闪过一丝狠厉之色，对于那些不愿意陪他共赴黄泉之人，他毫不留情地下令将她们全部毒死。随后，心灰意冷的他纵身一跃，投入冰冷刺骨的水中，结束了自己罪恶的一生。
而另一边，负责围剿卢循的杜慧度听闻此事后，迅速派人下河打捞。不多时，卢循的尸体便被捞了上来。杜慧度当机立断，下令将其头颅斩下，并连同他的父亲卢嘏一同问斩示众。至此，卢循及其同党的叛乱终于得以平息。
值得一提的是，魏晋南北朝时期存在着一种独特的选官制度——九品中正制。这种制度规定，上品官职只能由名门望族出身的士族子弟担任，而下品官职则几乎与寒门子弟无缘。如此一来，世家大族的家中子弟便能世世代代为官，从而在极大程度上阻碍了社会阶层之间的正常流动。长此以往，社会矛盾日益尖锐，最终导致了那个时代的动荡不安。
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