萧桓则亲自处理那些“骑墙派”官员。有位礼部侍郎，既未依附魏党，也未弹劾奸佞，只是终日闭门不出。萧桓召他入宫，指着御案上谢渊的血谏奏折：“谢卿以死明志，你以‘自保’为念，同为朝臣，差距何在？”那侍郎面红耳赤，伏地请罪。萧桓并未降罪，只是命他前往江南，协助刘怀安赈灾：“去看看百姓的苦难，再想想为官的本分。”
吏治革新并非一帆风顺。魏党残余势力暗中阻挠，有个被革职的官员，买通刺客欲行刺阁老，幸得蒙傲派去的禁军护卫及时发现，才未酿成大祸。萧桓得知后，下令将那官员凌迟处死，首级挂在吏部衙门外示众，同时下旨：“凡阻挠吏治革新者，无论官职高低，一律株连三族。”杨启阁老随即派出御史巡查各地，严防残余势力反扑，此令一出，朝野震动，再无人敢明目张胆地作乱。
一个月后，吏部与杨启阁老完成了第一轮官员调整，共提拔贤才八十余人，革职查办贪腐、无能官员一百二十余人。新上任的官员大多出身寒微，深知百姓疾苦，上任后第一件事便是清理积案、减免赋税。百姓编了新的民谣：“旧官贪，新官廉，门前不再有喊冤。”这话传到萧桓耳中，他拿着民谣的抄纸，对阁老与杨启笑道：“这才是吏部与御史台该有的样子。”
徐英接管盐运司的第一天，便遇到了难题：魏党亲信留下的盐引账册混乱不堪，有的盐引已售出却未入账，有的则是重复开具，连仓库里的盐都不知道实际存量。他带着三名亲信，住在盐运司的库房里，连续五日五夜核对账册，饿了就啃干粮，渴了就喝凉水，终于理清了头绪——实际存盐比账册上少了十万石，全被魏党私自变卖。
为了挽回损失，徐英制定了“盐课新规”：盐引由户部统一印制，上面盖着防伪的玉玺印记；盐商必须凭官府文书购盐，每一笔交易都要登记在册，每月上报户部核查。他还派人前往江南、岭南等产盐地，严查私盐贩子，仅半个月就查获私盐三万石，处死了两名最大的私盐头目。盐课收入日渐回升，第一个月便上缴国库十五万两白银，徐英将明细呈给萧桓时，张伏阁老亦在场佐证：“此款项已按计划拨付西北军饷，将士们均已签收。”
节流方面，萧桓下旨废除了魏党设立的“生祠捐”“庆典捐”等十余项苛捐杂税，同时缩减皇室开支。他将后宫的宫女裁汰一半，遣送回家，发放安家银两；停用了御膳房的山珍海味，每日膳食只留四菜一汤；连他自己的龙袍，都命尚衣局缝补旧袍，不再制作新的。张伴伴心疼地说：“陛下乃九五之尊，岂能如此节俭？”萧桓却道：“百姓食不果腹，朕岂能独享奢华？”
针对魏党造成的国库亏空，萧桓令徐英牵头，查抄魏党成员的家产，除了充公的赃银，还将他们霸占的土地归还给农民，允许农民以低价赎回。有个魏党亲信霸占了江南两千亩良田，徐英带人查抄时，百姓们举着锄头围过来，高呼“陛下英明”，纷纷主动帮忙丈量土地。这些措施实施后，国库渐渐充盈，三个月后，西北军饷终于足额发放，张伏阁老亲赴边关宣旨，将士们欢欣鼓舞，军威大振。
徐英在户部推行“透明账册”制度，将每月的收支情况张贴在户部衙门外，供百姓查阅。有个老农路过户部，看到账册上“江南赈灾银十万两”的记载，特意走进衙署问道：“这银子真能送到灾民手里？”徐英亲自给他解释赈灾流程，还拿出了刘怀安与灾民共同签收的文书。老农看完，对着皇宫的方向磕了个头：“有这样的朝廷，咱们老百姓就有盼头了。”
江南的水灾还未完全退去，刘怀安带着赈灾粮船赶到时，看到的是一片狼藉：房屋倒塌，田地被淹，灾民们蜷缩在高处，靠吃树皮、草根度日。他当即下令开设粥棚，每棚安排两名官员监督，确保每一碗粥都能送到灾民手里。有个老妇抱着奄奄一息的孙子来领粥，刘怀安见孩子嘴唇干裂，立刻让人端来温水，亲自喂孩子喝下，又塞给老妇两个馒头：“别怕，朝廷来了，就不会让你们饿死。”
萧桓接到江南的灾情奏报后，下旨减免江南三年赋税，同时调拨三十万两白银用于修复水利。他派工部尚书亲赴江南，主持修建防洪大堤，要求大堤“高丈二、宽三丈”，务必能抵御百年一遇的洪水。工部尚书带着工匠实地勘察，采纳了当地老农的建议，在大堤内侧种植柳树，利用柳枝的根系加固堤岸。
西北的旱灾同样严重，萧桓命户部拨出十万石粮食，由蒙傲护送前往西北。蒙傲不仅带来了粮食，还带来了新的种子——那是萧桓让人从西域引进的耐旱麦种，产量比当地的麦种高两倍。他组织士兵帮助农民开垦荒地，教他们种植新麦种。有个老兵感叹道：“以前魏党掌权时，咱们连军饷都领不到，如今陛下不仅给我们发粮，还想着百姓的庄稼，这才是真天子啊！”
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