公诉人则表示：鉴定机关和鉴定人有专业的资格，法院的申请也是依法的。没有法律规定说多长鉴定时间有效，鉴定委员会作出的鉴定应当认定有效。
最终，法庭驳回了辩护人的重新鉴定申请，采信了云南省精神疾病司法鉴定委员会的鉴定结论。
6.3 判决结果：正义的宣判
2004年4月24日下午2时30分，昆明市中级人民法院对马加爵案进行了宣判。
昆明中院一审认定，被告人马加爵仅因和同学之间发生琐事纠纷，即产生杀害同学的犯罪故意，并积极准备、实施、完成了整个犯罪过程，非法剥夺他人生命权利，在整个犯罪过程杀人犯意坚决，作案时手段残忍；在犯罪行为完成后畏罪潜逃。其犯罪行为具有严重的社会危害性，犯罪情节特别恶劣，犯罪后果特别严重，已触犯了国家刑律，构成故意杀人罪。
依据《中华人民共和国刑法》及《中华人民共和国民法通则》相关规定，对被告人马加爵判处死刑，剥夺政治权利终身；判令马加爵赔偿附带民事诉讼原告人李某某、唐某某人民币2万元，赔偿附带民事诉讼原告人邵某某、黄某某人民币2万元，赔偿附带民事诉讼原告人杨某某、马某某人民币2万元。
宣判后，马加爵没有提出上诉。2004年6月17日，云南省高级人民法院裁定核准了昆明中院以故意杀人罪判处马加爵死刑，剥夺政治权利终身的刑事判决。随后，马加爵被押赴刑场执行死刑。
七、余波未平：案件的社会影响与反思
7.1 社会反响：从震惊到反思
马加爵案在全国引起了巨大反响。这起案件之所以引起如此广泛的关注，不仅因为它是一起恶性杀人案件，更因为凶手和受害者都是接受高等教育的大学生。
案件发生后，社会各界对马加爵的行为进行了广泛的讨论。一些人认为，马加爵的行为反映了当代大学生的心理健康问题；另一些人则将矛头指向了教育体制，认为现行的教育过于注重知识传授，而忽视了人格培养和心理健康教育。
中国人民公安大学犯罪心理学教授李玫瑾在《马加爵的犯罪心理分析报告》中指出："我认为，导致他杀人的，不是因贫困而引起的自尊问题"。她认为，马加爵的犯罪行为是多种因素共同作用的结果，包括性格缺陷、家庭教育缺失、社会环境影响等。
一位网友在看了相关报道后引用了特雷沙修女的一段话："世界上比贫穷更可怕的是孤独和冷漠。"这句话深刻地反映了马加爵案所揭示的社会问题。
7.2 教育反思：心理健康不容忽视
马加爵案引发了全社会对大学生心理健康问题的关注。人们开始反思，为什么一个学习成绩优异的大学生会走上杀人的道路？我们的教育体系是否存在缺陷？
案发后，许多高校纷纷加强了心理健康教育和心理咨询服务，建立了更加完善的心理健康预警机制。教育部门也开始重视学生的心理健康问题，将其纳入教育评价体系。
中国政法大学法学专业在读博士生左镇瑛与成都市心理咨询师卫异在马加爵案开庭时，分别从北京和四川赶到昆明，研究被他们归结为"马加爵现象"的青少年极端行为。他们认为，马加爵有心理缺陷并不可怕，可怕的是，长期以来马加爵没有办法找到机构、组织或个人帮助疏导、治疗心理疾患。
7.3 受害者家属：难以愈合的伤痛
马加爵案给四个家庭带来了毁灭性的打击。四位受害者都是家中的独生子女，他们的离去让父母陷入了无尽的悲痛之中。
在庭审过程中，四位受害者的家属表现出了不同的态度。受害人杨开红的家属最大的愿望是"亲耳听到马加爵向自己道歉"，然而直到庭审结束，这一愿望也没有实现。杨开红的母亲在接受记者采访时，怒斥马加爵："他的心不好，心黑！"
龚博的家属则更加不幸。3月30日，云南大学研究生院电话通知龚博父母，龚博考取了该校的研究生。接到这个迟来的电话，龚博的母亲当场就瘫在地上。不知道天堂里能不能收到录取通知书，这是龚博家属心中永远的痛。
邵瑞杰的父亲邵渭清还没从失去孩子的悲痛中走出来，一提到孩子，他就老泪纵横。邵渭清表示要等到宣判后再离开昆明，"宣判时一定要去，要亲眼看看马加爵的下场"。
唐学李的父亲唐先河跟妻子在2月26日就来到昆明见了儿子最后一面，寒假里还活生生在眼前帮家里干活的儿子此时却躺在冰冷的殡仪馆里。"我时时在想，但总想不通，眼看就要毕业了，却……"这是唐学李父亲心中永远的疑问。
7.4 马加爵的最后时刻：忏悔与救赎
在生命的最后时刻，马加爵似乎有了一些悔悟。他在狱中写下了忏悔书：
"夜已经很深了，面对着这高墙铁网，我无法入眠，思绪像灰。几年的大学生活仿佛就在眼前，但我此刻却是在这样一个地方。表面上看我很平静，但到了这种境地，试问谁又能做到心如止水呢？"
"就因为一次打牌吵架，我决定了走上这条路。现在我以一个旁观者的身份看，这是多么荒谬，多么无知啊！这是多么地悲哀，多么地残酷啊！难道生命就这么脆弱？难道这世界上就没有什么值得留恋的吗？不是的！现在我是这么想的，以前也是！但是那几天我的心里只有苦恼，只有恨，诸多后果都未曾设想。很多事情来不及思考，就这样发生了。事后才知道造成的影响是多么大，才知道给亲人造成了多么大的伤害。也才明白伤心难过的远远不止我的亲人朋友。后悔啊，但木已成舟，我是无力挽回的了。我是想对整个社会说声对不起，想对那四名同学的亲人朋友说对不起，但你们会接受么？对于这么一个恶魔，你们会接受么？"
马加爵的忏悔虽然来得太晚，但至少表明他在生命的最后时刻，终于认识到了自己的错误。然而，这已经无法挽回四条年轻的生命，也无法抚平四个家庭的伤痛。
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