吴铭深知，能否打开局面，关键在于立规矩、建体系。他做的第一件事，便是将自己关在值房三日，结合明代实际情况和他所知的现代管理经验，草拟了一份《海事院章程纲要》。
这份纲要，在当时的官场看来，堪称“离经叛道”。它明确规定了各房、各司的职责权限，细化了从船舶登记、货物查验、税收征缴到海情上报、水师协调等各项流程，甚至提出了类似“绩效考核”的概念，要求对官吏的办事效率、廉洁程度进行定期考评（KPI的雏形：都察院——谢天谢地，这个煞星总算去祸害别的地方了），并与升迁奖惩挂钩。
纲要一出，衙内先起了波澜。一些从六部调来的老资格官吏，习惯了以往推诿拖沓、浑水摸鱼的日子，对这等“刻板”、“严苛”的章程颇不以为然，私下抱怨“吴大人年轻气盛，不谙世事”、“海上之事，岂能如账房算数般斤斤计较”。
吴铭对此心知肚明，但他不动声色。他选择了几个关键岗位，安插了绝对心腹，又亲自召集全体属官，逐条讲解章程，阐明利害。他没有用高压手段，而是摆事实、讲道理：“海疆事务，关乎国计民生，更关乎国家安全。一处疏漏，便可能让‘夜枭’之流有机可乘；一丝贪墨，便可能损及朝廷岁入。唯有规矩分明，权责清晰，方能效率倍增，弊绝风清。”
他更抛出一句重话：“本官受陛下重托，掌此新衙，只认章程，不认人情。有功必赏，有过必罚，绝无姑息！”
一番软硬兼施，加上皇帝背景的威慑，总算初步压住了内部的杂音。但真正的挑战，来自外部。
海事院的设立，直接触及了多个原有衙门的利益蛋糕。户部担心商税征收权被分走，兵部忧虑水师指挥权受影响，地方督抚则不满中央直接插手沿海事务。一时间，明枪暗箭，纷至沓来。
有在公文流转上故意拖延卡壳的，有在提供旧档资料时含糊其辞甚至篡改的，更有甚者，暗中指使关联商人，在新设的船舶登记处故意制造纠纷，试探海事院的权威和应对能力。
这一日，宁波府便报来一桩棘手案子：一艘福建籍商船，持有模糊不清的旧式船引，欲运大宗瓷器往琉球，却拒绝按新章缴纳定额税银，其背后东家疑似与某位致仕的京官有亲。地方市舶司不敢决断，将皮球踢到了新成立的海事院。
衙内属官意见不一，有主张强硬执法以立威的，有建议暂缓处理以免树敌过多的。吴铭仔细查阅了卷宗和《大明律》相关条款，又暗中让锦衣卫核实了商人背景，心中已有定计。
他并未直接下令抓人，而是亲自签发了一道措辞严厉的公文，快马送至宁波：一，明确指出旧式船引于新衙成立后已失效，需重新登记核验；二，勒令该船立即补缴税款，并处以罚金；三，严正警告，若再抗法，则扣船拿人，并追究其背后指使之责！同时，他将此事简要禀明朱元璋，获得了“依法办理”的口谕支持。
雷霆手段之下，那商人见海事院态度强硬，且皇帝似乎默许，立刻怂了，乖乖补税受罚。此事一经传出，沿海试图观望或挑衅的势力顿时收敛了许多。海事院算是初步站稳了脚跟。
吴铭并未因此松懈，他深知这仅仅是开始。他更加忙碌，白日处理公务、接见各方人员（包括那些心怀鬼胎的试探者），晚间则继续研究海图、分析各方汇集来的情报，尤其是关于南洋和三佛齐的蛛丝马迹。
这日深夜，他正在灯下翻阅古籍中关于三佛齐王室仪制的零星记载，亲信长随悄然入内，递上一封没有落款的密信。
“大人，汤晟将军从沿海派人星夜送来的。”
吴铭精神一振，立刻拆开。信是汤晟亲笔，内容简短却重要：其在巡查海防时，于一处荒僻礁岛发现疑似人为活动的新鲜痕迹，并捡到半块破损的玉佩，其材质雕工，与吴铭之前所示画像上的鸟形玉佩极为相似！他已暗中封锁该区域，加强搜索。
玉佩！荒岛！ 吴铭的心跳骤然加速！这会不会是“星槎”或“雾隐”逃亡途中留下的线索？他们是否就藏匿在沿海某个不为人知的角落？
他立刻铺开沿海舆图，根据汤晟描述的位置仔细查找。那是一片暗礁密布、航道险恶的区域，寻常船只绝不会靠近。
“果然最危险的地方就是最安全的地方吗？”吴铭目光锐利，“或者说，那里有他们必须停留的理由？”
他沉吟片刻，迅速写下回信：一，表扬汤晟警觉，令其继续秘密搜索，但切勿打草惊蛇；二，绘制玉佩残片图样，火速送京；三，调派绝对可靠的快船，对该海域进行不间断监视。
发送密信后，吴铭毫无睡意。海事院的筹建刚有起色，“夜枭”的线索便再次浮现。这两条线，如同拧在一起的绳索，牵引着他不断向前。
他走到窗前，望着京都的万家灯火。新衙初立，百事待兴，外有旧制掣肘，内有谜案未解。压力如山，但吴铭眼中却燃烧着挑战的火焰。
“好吧，新公司（海事院）刚完成注册，团队还在磨合，竞争对手（旧利益集团）就开始使绊子了。现在项目A（衙门建设）和项目B（追查夜枭）还产生了交叉需求（沿海监控）。”吴铭揉了揉太阳穴，内心OS带着疲惫与兴奋，“这CEO可真不好当。不过，这种从零到一、亲手搭建平台的感觉，确实比单纯当个御史刺激多了！”
他回到书案前，继续投入工作。海事院的灯火，常常亮至黎明。
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