新明港外海，硝烟尚未完全散去，三艘西班牙战舰如同受伤的野兽，在远海徘徊，舔舐伤口，等待着下一次扑击的时机。瓦尔德斯上校站在破损的“圣菲利佩号”甲板上，面色铁青，他一边命令全力抢修战舰，一边派出快艇，疯狂联络周边所有能联络到的西班牙据点和雇佣的土着部落，试图编织一张更大的包围网，困死新明港。
港内，气氛并未因暂退强敌而轻松。吴铭站在了望塔上，远眺敌舰动向，眉头紧锁。
“他们在等援军，或者在等我们内部崩溃。”吴铭对身旁的蒋瓛和沉茂才说道，“我们的粮食危机并未完全解除，与特拉科潘的贸易线依旧脆弱。西班牙人吃了亏，下次再来，手段只会更狠辣。”
(内心OS：项目风险矩阵更新：外部威胁（西班牙）等级维持极高，内部资源（粮食、医药）短缺风险急剧升高！必须启动应急预案！)
然而，就在吴铭全力部署防御、巩固粮道、督促“金薯”“玉麦”扩种之时，一场远比西班牙人的炮弹更隐蔽、更恐怖的危机，正悄然在新明港内部滋生。
最先出现异常的是港口区的劳工营。几名负责清理战损废墟和搬运西班牙士兵尸体的土着雇工，突然出现寒战、高烧、头痛欲裂的症状，随后腋下和腹股沟处出现明显的淋巴结肿痛，甚至开始溃烂。
起初，负责巡查的医官以为是劳累过度加上伤口感染，并未太过在意，只吩咐隔离休息，用了些清热解毒的草药。但情况迅速恶化，高烧不退者越来越多，咳嗽、咯血（肺鼠疫征兆）的症状也开始出现，死亡接踵而至！死者皮肤上出现恐怖的紫黑色瘀斑，死状凄惨。
“瘟疫！是瘟疫！”一位年长的、来自大明的老医匠看到症状后，脸色煞白，惊恐地尖叫起来，“是疙瘩瘟（鼠疫）！或是肺痨瘟（肺鼠疫）！天哪！这东西染上就死啊！”
恐慌如同最致命的病毒，瞬间席卷了整个新明港！远比西班牙人炮击带来的恐惧更甚！
人们惊恐地远离病患，原本就因粮食短缺而紧绷的神经瞬间断裂。谣言四起，有人说是西班牙人尸体带来的“邪气”，有人说是触怒了本地神灵，更有人暗中传言，这是吴铭“逆天而行”“自立为王”招来的天谴！
港口秩序几近崩溃，人人自危，连正常的防御和生产都受到严重影响。
“首领！港口区已死亡十七人！病患超过五十！疫情还在扩散！民众恐慌，几近炸营！”沉茂才连滚带爬地报告，声音带着绝望的哭腔。
吴铭的心瞬间沉到了谷底。(内心OS：黑死病？！鼠疫？！项目最大危机——公共卫生事件爆发！死亡率超高，恐慌指数爆表，处理不当直接团灭！)
他强迫自己冷静下来，大脑飞速检索着现代医学关于鼠疫的知识：鼠疫杆菌，通过跳蚤叮咬（腺鼠疫）或飞沫（肺鼠疫）传播，死亡率极高，但…可防可控！关键是隔离、消毒、灭蚤、对症治疗！
“立刻！”吴铭的声音斩钉截铁，压住了现场的慌乱，“蒋瓛！调你的燧发枪队！不是打仗，是执行军管！”
“第一：全面封锁港口区！ 划为绝对隔离区，许进不许出！所有疑似病患，立即移送至隔离区内的特定棚屋！”
“第二：全港大清洁！ 焚烧所有垃圾、污物，尤其是死鼠！用生石灰水泼洒所有角落！所有人，强制用热水和皂角清洁身体，衣物沸水蒸煮！”
“第三：组建防疫队！ 人员从我、格物院、还有自愿者中出！穿戴…穿戴用油布做的简易防护服和面罩（口鼻处塞入活性炭和棉布过滤）！负责隔离区消杀、送药、处理尸体！”
“第四：尸体处理！ 所有死者，深坑焚烧后掩埋，撒大量生石灰！严禁土葬！”
“第五：寻找药源！ 张衡！立刻带人查阅所有带来的医书，尤其是那本《…》《瘟疫论》！寻找可能对症的方剂！同时询问本地土着，他们有无应对类似热病的草药！”
(内心OS：启动传染病应急响应预案！隔离传染源，切断传播途径，保护易感人群！没有抗生素，就用最严格的公共卫生手段和中医经验结合！)
命令一条接一条，清晰而冷酷，却瞬间给慌乱的人们指明了方向。尽管恐惧依旧，但在吴铭强大的组织力和燧发枪队的强制力下，新明港开始以一种悲壮而有序的方式，对抗这无形的死神。
吴铭更是身先士卒，穿上那简陋得可怜的“防护服”，亲自进入隔离区视察，稳定人心。他的举动，极大地鼓舞了防疫队的士气。
格物院灯火通明，张衡带着所有懂文墨的人，疯狂翻阅着有限的医药典籍。终于，在一本辗转带来的、由明末医家吴有性（吴又可）所着的《瘟疫论》中，找到了希望之光！
书中明确提出“夫温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”（瘟疫的病因是一种特殊的“戾气”），其感染途径是“邪从口鼻而入”（通过呼吸道和消化道传染），这与此疫情的症状和爆发模式高度吻合！
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