目标锁定于甲、乙、丙三个优选方案后，澄心院的工作进入了更为精密的“微调”与“决胜”阶段。这不再是广撒网式的探索，而是对有限的几个方向进行千锤百炼的优化，如同最顶尖的工匠，对着已然显出瑰宝光泽的璞玉，进行最后的、决定成败的精雕细琢。每一个微小的调整，都可能意味着天壤之别。
云舒为甲（桃胶-蜂蜜-甘草）、乙（饴糖-桃胶-罗汉果）、丙（阿拉伯胶-饴糖）三个方案分别设立了独立的实验流程和更为严苛的评价标准体系。竞争的氛围在实验室里悄然弥漫，每个负责具体方案的小组都铆足了劲，希望自己的方案能最终胜出。
第一步，是包衣材料制备工艺的极致优化。 这是基础，基础不牢，地动山摇。
以潜力最大、综合成本最理想的乙方案为例。
桃胶处理：云舒规定，必须选用色泽金黄、杂质极少的滇南桃胶。泡发需用澄心院后院那口深井打上来的、清澈甘冽的冷水，时辰严格控制在四个半时辰，期间换水三次，确保充分泡发且去除任何可能的异味。泡发后的桃胶，需经过三次漂洗，直至水质清澈，再以细纱布滤去多余水分，只取胶质最丰厚的部分。
饴糖熬制：选用上等麦芽饴糖，熬制时需用紫铜锅，以文火慢熬。火候的掌握是关键中的关键，云舒亲自定义了“金丝挂旗”的标准——用竹筷蘸取糖液，提起时糖液能拉出细长而不断的金黄色丝线，并且丝线末端能形成一小片如同三角旗般的薄膜。达不到此标准则太嫩，包衣过软；超过则太老，包衣过硬易碎。
罗汉果提取：取干制罗汉果，剥壳取瓤，以七十度热水浸泡萃取，取其清甜之味，避免长时间高温煮沸产生焦糊味。
混合工艺：三者的混合顺序、搅拌速度（要求顺时针匀速搅拌）、加热温度（维持在微沸状态以下）和时间，都成了需要反复试验、记录的变量。云舒要求，每一步都必须有明确的时间、温度、甚至搅拌圈数记录，确保工艺的可重复性。
第二步，是包衣与疫苗核心的结合工艺探索与固化。 这是整个流程中最具挑战性、也最考验巧思的一环。如何将液态的、粘稠的包衣浆液，均匀、完整、且厚度可控地包裹在疫苗液滴或粉末之外，并最终固化成大小均一、形态稳定的微囊颗粒？
云舒带领团队设计并测试了多种方法。
一种是 “滴制法” ：将混合好的疫苗与包衣浆液，装入特制的、末端带有经过精密校准的细小孔洞的琉璃滴管中，控制一定的压力和高度，让混合液滴一滴一滴地坠入低温的、不断缓慢搅拌的纯净茶油或惰性粉体（如滑石粉）中。利用液体表面张力自然形成球状液滴，然后通过控制干燥室的温度、湿度和风速，使其由外向内逐步干燥固化。这种方法对滴管孔径、液滴温度、接收液温度和环境参数要求极高。
另一种是 “凝聚法” ：利用某些材料（如阿拉伯胶与明胶）在特定条件下（如改变酸碱度、加入电解质）会发生相分离凝聚的特性，使包衣材料自发地包裹在疫苗液滴周围，形成微囊。这种方法更为巧妙，但对配方和反应条件的控制要求更为精细，一个不慎就会导致包裹失败或疫苗失活。
实验室里，常常能看到云舒和核心医官们，屏息凝神地围在实验台前，眼睛一眨不眨地看着一滴混合液从琉璃滴管末端缓慢形成、饱满、最终挣脱落下，在接收液中形成一个小小的球体。然后，他们立刻用特制的琉璃勺将其捞起，放在载玻片上，置于那台唯一的显微镜下仔细观察。成功时，能看到一颗颗圆润饱满、包裹完整、囊壁均匀的微球，如同一个个完美的艺术品；失败时，则可能是形态畸形的、囊壁厚薄不均的、甚至破裂的、或者根本没有形成有效包裹的混合物，令人扼腕。
第三步，也是最终极的、无可替代的考验，是活菌测试与免疫效果验证。 这是检验一切努力是否值得的唯一标准。
云舒通过官方渠道，谨慎地获取了一些实验用的健康幼兔和猴子。她将制备好的、不同配方的包衣疫苗样品，按照计算好的剂量，喂食给这些动物。
然后，便是漫长而煎熬的等待与密切无比的观察期。
每天，她都要亲自检查动物的精神状态、食欲、饮水量、排便情况，并定期由她亲自操作，从动物耳缘静脉或四肢浅表血管抽取少量血液，利用她独有的简易显微镜和一系列自行设计的生物化学测试方法（主要是检测血液中是否产生针对牛痘病毒的特异性抗体），来客观评估免疫反应是否被成功激发。
这之后，便是更具决定性的、也是最令人紧张的 “攻毒实验” 。在确认动物体内产生足够水平的特异性抗体后，用经过精确计算的、低剂量的、具有感染活性的牛痘病毒液，对接种过疫苗的动物和作为对照的、未接种疫苗的健康动物进行攻击（通常采用皮肤划痕接种病毒的方式），观察它们是否能够抵抗感染，不出现典型的牛痘病灶或仅出现极其轻微的反应。
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