秦始皇统一六国后，觉得自己的德行超过三皇，功劳盖过五帝，于是将君主称号改为“皇帝”，皇帝的命令称为“制”“诏”，皇帝自称“朕”。他还追尊父亲秦庄襄王为太上皇，并下命令说：“死后根据生前行为定谥号，这是儿子议论父亲、臣子议论君主，没什么意义。从现在起废除谥法。我是始皇帝，后世子孙就用数字计数，二世、三世一直传到万世，永无穷尽。”
早在齐威王、齐宣王时期，邹衍就提出了“终始五德”的学说。秦始皇统一六国后，齐国人把这个学说奏报给他。秦始皇采纳了这一理论，认为周朝是火德，秦朝取代周朝，水克火，所以秦朝是水德。为此，秦朝更改岁首，每年十月初一作为一年的开始；衣服、旗帜、符节等都以黑色为尊；各种制度、器物的数目都以“六”为标准。
丞相王绾等人上书说：“燕、齐、楚等地离都城太远，如果不封王去镇守，很难控制。请分封各位皇子去那里为王。”秦始皇把这个建议交给群臣讨论。廷尉李斯说：“周文王、周武王分封了很多同姓子弟为诸侯，可后来血缘关系疏远，诸侯之间相互攻击，如同仇敌，周天子都无法制止。现在天下依靠陛下的威德实现统一，应该全部设置为郡县，用国家的赋税重重赏赐皇子和功臣，这样很容易控制，天下也不会有二心，这才是使国家安宁的办法，分封诸侯没有好处。”秦始皇说：“天下百姓深受战争之苦，就是因为有诸侯王。依靠祖宗保佑，天下刚刚安定，又要分封立国，这是制造战乱，想让国家安宁，太难了！廷尉说得对。”
于是，秦始皇把天下分为三十六郡，每个郡设置郡守、郡尉、郡监等官职。他还下令收缴天下的兵器，运到咸阳，熔铸成大钟和十二个铜人，每个铜人重达千石，放置在宫廷之中。同时统一了全国的法律、度量衡和长度标准，把天下的豪门大户十二万户迁徙到咸阳。
秦国的宗庙以及章台宫、上林苑都在渭水南岸。秦始皇每灭掉一个诸侯国，就仿照其宫殿的样子，在咸阳北边的山坡上重建，宫殿南临渭水，从雍门向东一直到泾水、渭水交汇处，宫殿、天桥、回廊相互连接，把从各诸侯国得到的美人、钟鼓等都安置在里面。
公元前220年（秦始皇二十七年），秦始皇巡视陇西、北地，到达鸡头山，经过回中。他在渭水南岸修建信宫，后来改名为极庙。从极庙修道路直通骊山，建造甘泉前殿，又修筑甬道连接咸阳，还在全国范围内修建宽阔的驰道。
公元前219年（秦始皇二十八年），秦始皇向东巡视各郡县，登上邹峄山，立石碑歌颂自己的功业。他召集鲁国的七十位儒生到泰山脚下，商议封禅大典的礼仪。有的儒生说：“古代封禅，乘坐用蒲草包裹车轮的车子，怕损伤山上的土石草木；清扫地面进行祭祀，用草编的席子。”大家的意见各不相同。秦始皇觉得这些建议难以实施，因此不再采纳儒生的意见。他下令开辟车道，从泰山南边登上山顶，立石碑歌颂功德；又从山北的道路下山，在梁父山举行祭地仪式。封禅的礼仪大多采用太祝祭祀雍州上帝的仪式，但具体的封禅过程和仪式都严格保密，世人无从得知。
之后，秦始皇向东巡游到海边，祭祀名山大川和八大神。他向南登上琅邪山，非常喜欢这里，停留了三个月，还建造了琅邪台，立石碑歌颂功德，彰显自己统一天下的得意之情。
当初，燕国人宋毋忌、羡门子高等人宣称掌握了成仙、灵魂脱离肉体的法术，燕、齐两地喜欢奇谈怪论的人纷纷学习传播这些说法。齐威王、齐宣王、燕昭王都相信这些言论，派人入海寻找蓬莱、方丈、瀛洲三座神山，据说这三座神山在渤海之中，离人间不远。但船快靠近时，就会被风吹走。曾经有人到过那里，说山上住着仙人，还有长生不老的仙药。秦始皇到海边后，齐国的方士徐福等人争相上书，请求斋戒后带领童男童女去寻找神山。秦始皇便派徐福率领几千名童男童女入海求仙。徐福的船在海上航行，回来后都说：“没能到达神山，只是远远望见了。”
秦始皇回程途中经过彭城，斋戒祈祷，想从泗水中打捞周朝的九鼎，派了上千人下水寻找，结果一无所获。于是秦始皇向西南渡过淮水，前往衡山、南郡。乘船顺长江而下，到湘山祠时，遇上大风，几乎无法渡江。秦始皇问博士：“湘君是什么神？”博士回答：“听说湘君是尧的女儿，舜的妻子，葬在这里。”秦始皇听后大怒，下令让三千名刑徒把湘山上的树木全部砍光，使山体露出红褐色的泥土。然后从南郡经过武关回到咸阳。
早年，韩国人张良的父亲、祖父以上五代人都在韩国做丞相。韩国灭亡后，张良散尽千金家产，一心想为韩国报仇。
公元前218年（秦始皇二十九年），秦始皇向东巡游。当车队走到阳武县的博浪沙时，张良让大力士手持铁椎行刺秦始皇，结果误中了副车。秦始皇受惊后，下令全国大规模搜捕刺客，搜了十天也没抓到人。
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