初元三年（公元前46年）
春天，皇帝下诏书说：“珠厓的反叛者杀害官吏百姓，背叛朝廷。现在朝廷讨论这件事，有人说该攻打，有人说该坚守，有人建议放弃，大家意见不一。我日夜思考这些建议，要是觉得不杀杀他们的威风不甘心，那就去讨伐；要是害怕麻烦想躲避，那就留守屯田；要是通晓时势变化，就该为百姓担忧。可百姓挨饿受困和不讨伐远方蛮夷，哪个危害更大呢？而且遇到灾年，宗庙祭祀的祭品都无法备齐，更何况是为了避免那点屈辱就大动干戈呢？现在关东地区非常贫困，仓库空虚，百姓相互之间都没办法接济，这时候再发动战争，不仅劳民伤财，灾荒之年也会随之而来。所以，撤销珠厓郡。当地百姓有愿意归附内地、向往中原教化的，就妥善安置他们；不愿意的，也不要强迫。”
夏天四月乙未日，是月末的最后一天，茂陵的白鹤馆发生火灾，皇帝大赦天下。
这一年夏天，还发生了旱灾。
朝廷封长沙炀王的弟弟刘宗为王。长信少府贡禹向皇帝建议：“各个离宫以及长乐宫的护卫人员，可以裁减掉一大半，这样就能减轻百姓的徭役负担。”六月，皇帝下诏书说：“我想到百姓们饥寒交迫，还要远离父母妻儿，去做那些并非必要的工作，守卫那些无人居住的宫殿，这恐怕不符合阴阳调和的道理。那就撤销甘泉宫、建章宫的护卫，让他们回家务农。各个官府都要节省开支，大家详细上奏，不要有所隐瞒。”
这一年，皇帝再次提拔周堪担任光禄勋，周堪的学生张猛担任光禄大夫、给事中，两人都深受皇帝信任。
初元四年（丙子，公元前45年）
春天正月，皇帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东，祭祀土地神后土，并赦免了汾阴正在服刑的犯人。
初元五年（丁丑，公元前44年）
春天正月，皇帝封周王室的后裔周子南君为周承休侯。三月，皇帝前往雍地，祭祀五帝。
夏天四月，参宿旁出现了彗星。皇帝采纳贡禹等儒生的建议，下诏让太官不要每天宰杀牲畜，准备的食物都减少一半；皇家饲养的马匹，只要保证日常使用就行。同时，取消角抵表演，关闭很少使用的上林宫馆，裁撤齐地负责制作王室礼服的机构、北假地区的田官、盐铁官以及常平仓。还取消了博士弟子的人数限制，以便让更多人能求学。百姓中只要有能精通一部儒家经典的，就免除他们的赋税徭役。此外，还删减了七十多项刑罚条例。
陈万年去世。六月辛酉日，长信少府贡禹被任命为御史大夫。贡禹前前后后给皇帝上书数十次，谈论治国得失，皇帝欣赏他的质朴正直，很多建议都被采纳。
匈奴的郅支单于觉得自己离汉朝路途遥远，又怨恨汉朝帮助呼韩邪单于却不帮自己，就刁难羞辱汉朝使者江乃始等人；之后，他派使者到汉朝进献贡品，顺便要求接回在汉朝做人质的儿子。汉朝商议后，打算派卫司马谷吉护送郅支单于的儿子回去。御史大夫贡禹、博士东海人匡衡认为：“郅支单于归化之心还不坚定，而且他所在的地方非常遥远，应该让使者把他儿子送到边境就回来。”谷吉上书说：“汉朝和匈奴之间一直保持着友好往来的关系，如今我们已经抚养他儿子十年，对他们的恩德很深厚。如果突然中断，只送到边境就返回，这等于向他们表示我们抛弃了他们，会让他们不再向往归附汉朝，既抛弃了以前的恩情，又结下了新的怨恨，这样做不合适。那些反对的人，是看到之前江乃始面对敌人毫无办法，智谋和勇气都用尽了，最后还受了屈辱，所以提前为我担忧。但我有幸持着强大汉朝的符节，秉承圣明皇帝的诏令，去宣扬汉朝的深厚恩德，对方应该不敢胡来。就算他真有禽兽心肠，对我施以暴行，那郅支单于就会犯下大罪，肯定会远远逃走，不敢靠近边境。牺牲我一个使者，能换来边境百姓的安宁，这是国家的大计，也是我的心愿。我希望能把他儿子送到单于王庭。”皇帝同意了。谷吉等人到达后，郅支单于非常生气，竟然杀了谷吉等人。他自知得罪了汉朝，又听说呼韩邪单于越来越强大，害怕被袭击，就想往更远的地方迁徙。
正好康居王多次被乌孙国困扰，他和各位翕侯商量说：“匈奴是大国，乌孙向来臣服于它。现在郅支单于在外面处境艰难，可以把他接到东边，让他和我们合兵攻打乌孙，立他为王，这样我们就再也不用担心乌孙的威胁了。”于是派使者到坚昆，和郅支单于沟通。郅支单于本来就害怕，又怨恨乌孙，听了康居王的计划后非常高兴，就和康居王结盟，带兵向西进发。在途中，很多人因为受不了寒冷死去，最后只剩下三千人到达康居。康居王把女儿嫁给郅支单于，郅支单于也把女儿嫁给康居王，康居王对郅支单于十分尊敬，想借助他的威风来威胁周边各国。此后，郅支单于多次借兵攻打乌孙，深入到谷城，杀害掠夺百姓，驱赶牲畜后离开。乌孙国不敢追击，导致西边五千里的土地都变得荒无人烟。
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