皇帝派吴兴人沈桢去劝说沈充，答应封他为司空。沈充说：“三司是众人敬仰的重要职位，哪是我能胜任的！对方给这么多好处、说这么好听的话，古人都知道要提防。而且大丈夫共事，就得有始有终，怎能中途变卦，那样谁还会容我呢！”于是他出兵直奔建康。宗正卿虞潭因病回会稽，听说后，在余姚起兵讨伐沈充，皇帝任命虞潭兼任会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅也都起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀了王敦任命的太守刘芳，平西将军祖约赶走了王敦任命的淮南太守任台。
沈充率领一万多人和王含的军队会合，司马顾飏劝沈充说：“现在要成大事，可天子已经扼住了我们的咽喉，我军锐气受挫、士气低落，僵持久了肯定会失败。现在如果挖开栅塘，利用湖水淹灌京城，借着水势派水军进攻，这是上策；趁着刚到的锐气，会合东西两路军队，分十路进军，兵力比对方多一倍，一定能攻破京城，这是中策；转祸为福，叫钱凤来商量事，趁机杀了他投降，这是下策。”沈充一个都没采用，顾飏就逃回了吴地。
丁亥日，刘遐、苏峻等人率领一万精锐士兵赶到，皇帝连夜召见他们，慰劳将士，赏赐各有差别。沈充、钱凤想趁北方军队刚到疲惫时袭击他们，乙未日夜里，沈充、钱凤从竹格渚渡过淮河。护军将军应詹、建威将军赵胤等人迎战，战况不利，沈充、钱凤攻到宣阳门，拔掉栅栏，准备交战时，刘遐、苏峻从南塘侧面攻击，大败他们，有三千人掉进水里淹死。刘遐又在青溪打败了沈充。
寻阳太守周光听说王敦起兵，率领一千多人赶来。到了之后，请求见王敦。王应以病为由推辞。周光退下后说：“我远道而来却见不到他，恐怕他已经死了吧！”立刻去见他的哥哥周抚说：“王公已经死了，哥哥你为什么还要和钱凤一起做贼！”众人都很惊讶。
丙申日，王含等人烧毁营寨连夜逃跑。丁酉日，皇帝回宫，宣布大赦，只有王敦的党羽不被赦免。命令庾亮统领苏峻等人到吴兴追击沈充，温峤统领刘遐等人到江宁追击王含、钱凤，又分别命令将领们追捕他们的党羽。刘遐的士兵多有抢掠行为，温峤责备他说：“天道帮助顺应民心的人，所以王含才被消灭，怎么能趁着混乱再制造混乱呢！”刘遐又慌又怕，连忙谢罪。
王含想逃到荆州，王应说：“不如去江州。”王含说：“大将军平时和江州刺史关系怎么样，你还想去那？”王应说：“正因为这样才该去。江州刺史在别人强盛时，敢于表明不同意见，这不是一般人能做到的，现在看到我们处境困难，一定会有怜悯之心。荆州刺史循规蹈矩，怎会做破格的事呢！”王含不听，还是逃到了荆州。王舒派兵迎接，把王含父子沉到江里。王彬听说王应要来，秘密准备了船只等着；可王应没来，他非常遗憾。钱凤逃到阖庐洲，被周光斩杀，周光拿着首级到朝廷赎罪。沈充逃跑时迷了路，误闯进 former 部将吴儒家里。吴儒诱骗沈充进了夹墙，笑着对他说：“我要得三千户侯了！”沈充说：“你要是讲道义放了我，我家一定会厚报你。要是为了利益杀我，我死了，你全族也会被灭！”吴儒还是杀了他，把首级送到建康。王敦的党羽被彻底平定。沈充的儿子沈劲本该被处死，同乡钱举把他藏起来，才得以幸免；后来沈劲最终灭了吴氏家族。
有关部门挖开王敦的坟墓，挖出尸体，烧掉他的衣冠，让尸体跪着砍下脑袋。然后把他的首级和沈充的首级一起挂在南桁示众。郗鉴对皇帝说：“前朝诛杀杨骏等人，都是先执行官刑，后允许私人安葬。我认为朝廷执行死刑后，私人的情义也该顾及，应该允许王敦的家人收葬，这样道义更弘大。”皇帝答应了。司徒王导等人都因讨伐王敦有功受到封赏。
周抚和邓岳一起逃跑，周光想资助哥哥周抚却趁机除掉邓岳。周抚生气地说：“我和邓岳一起逃亡，你为什么不先杀我！”正好邓岳来了，周抚出门远远地对他说：“还不快走！现在亲骨肉都想互相加害，何况外人呢！”邓岳掉转船头逃走，和周抚一起躲进西阳蛮人中。第二年，朝廷下诏赦免王敦的党羽，周抚、邓岳出来自首，得以免死但被禁锢。
前吴内史张茂的妻子陆氏，拿出全部家产，率领张茂的旧部作为先锋讨伐沈充，为丈夫报仇。沈充战败后，陆氏到朝廷上书，为张茂没能完成任务而谢罪；皇帝下诏追赠张茂为太仆。
有关部门上奏：“王彬等王敦的亲族，都应当被削去官职。”皇帝下诏说：“司徒王导为了大义不顾亲情，尚且要宽恕他百代子孙，何况王彬等人都是王导的近亲呢！”对他们全都不追究。
朝廷下诏：“王敦的主要下属削去官职，幕僚辅助人员被禁锢。”温峤上疏说：“王敦固执任性又不仁义，动不动就杀人，朝廷没法制约他，亲人也劝不了他；在他手下做官的，常怕有生命危险，所以人们都不敢说话，路上见面也只能用眼神示意，这实在是贤人君子走投无路、只能暂时隐忍的时候啊。推究他们的本心，哪有心思安稳度日！像陆玩、刘胤、郭璞这些人常和我说起，我都清楚。如果他们确实帮助王敦做坏事，自然该依法惩处；如果是被迫陷入奸党，我认为应该宽恕。我把陆玩等人的忠诚告诉皇上，要是他们受牵连，我也该担同罪的责任；如果我沉默不说，实在对不起他们，希望陛下仁慈圣明地裁决！”郗鉴认为先王制定君臣准则，看重坚守节操、为义而死。王敦的下属，虽然多是被逼的，但进不能阻止他的叛乱，退不能脱身逃走，按以前的规矩，应该追究他们的道义责任。皇帝最终听从了温峤的意见。
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