司徒王导听说王敦病得很重，率领子弟为他发丧，大家以为王敦真的死了，都有了奋勇作战的决心。这时尚书传达诏书到王敦的军府，列举王敦的罪行说：“王敦擅自立哥哥的儿子继承自己的职位，没有哪个宰相继位不是由朝廷任命的。他和顽凶之徒互相勾结，毫无顾忌；心怀险恶，窥伺皇位。上天不容奸恶，王敦已经死去；钱凤继承他的恶行，继续煽动叛乱。现在派司徒王导等率领三万精锐部队，分十路进军；平西将军王邃等率领三万精锐，水陆并进；我亲自统领各路军队，讨伐钱凤的罪行。有能杀了钱凤献上他首级的，封五千户侯。那些被王敦任用的文武官员，一概不追究，不要有猜疑，以免招来杀身之祸。王敦的将士，跟随王敦多年，远离家乡亲人，我很同情他们。那些家里只有一个男丁在军中的，都让他们回家，终身不再征召；其余的人都给三年假期，假期结束后回到朝廷，会和守卫皇宫的士兵一样实行三番休二的制度。”
王敦看到诏书，非常生气，而病情加重，不能亲自带兵；他想出兵讨伐京师，让记室郭璞占卜，郭璞说：“不会成功。”王敦向来怀疑郭璞帮助温峤、庾亮，听到占卜结果不吉利，就问郭璞：“你再算算我的寿命有多长？”郭璞说：“从刚才的卦象来看，您要是起兵，灾祸很快就会来。如果留在武昌，寿命就不好说了。”王敦大怒说：“你能活多久？”郭璞说：“我今天中午就会死。”王敦于是把郭璞抓起来杀了。
王敦派钱凤和冠军将军邓岳、前将军周抚等人率领部众向京师进军。王含对王敦说：“这是我们家里的事，我应当亲自去。”于是任命王含为元帅。钱凤等人问：“事情成功后，怎么对待天子？”王敦说：“他还没举行南郊祭天仪式，怎么能称天子！你们用尽兵力，保护好东海王和裴妃就行了。”于是上疏，以诛杀奸臣温峤等人为名出兵。秋天七月壬申朔日，王含等人率领五万水陆大军突然到了江宁南岸，人们都很恐慌。温峤移兵驻守到水北，烧毁朱雀桁来挫败敌军的锐气，王含等人不能渡江。皇帝想亲自带兵攻打他们，听说桥被烧了，非常生气。温峤说：“现在皇宫守卫力量薄弱，征调的军队还没到，如果叛军像野猪一样冲过来，会危及国家，连祖庙恐怕都保不住，何必吝惜一座桥呢！”
司徒王导给王含写信说：“最近听说大将军（王敦）病重，有人说已经去世了。接着得知钱凤戒备森严，想发动叛乱；我以为兄长会抑制这些不法之徒，回到武昌去，现在你却和这些恶人一起南下。兄长这一举动，难道能像大将军当年那样成功吗？当年奸臣扰乱朝廷，人心不安，像我王导这样的人，心里也想向外求助。现在却不是这样了。大将军驻守在湖县，渐渐失去人心，君子感到恐惧，百姓劳累困苦。他临终时，把重任托付给安期（王应字安期）；安期断奶才几天？凭他当时的声望，就能承袭宰相的职位吗？自从开天辟地以来，有过让小孩子当宰相的吗？凡是有耳朵的人，都知道这是要篡位夺权，不是臣子该做的事。先帝复兴晋朝，恩德留在百姓心中；当今圣主聪明，恩德遍及朝野。兄长却想萌生叛逆的念头，凡是做臣子的，谁不气愤感叹！我王导一家大小都受国家厚恩，今天这事，我会公开地作为六路军队的首领，宁肯做忠臣而死，也不做无赖苟活！”王含没回信。
有人觉得“王含、钱凤兵力是我们的百倍，苑城又小又不坚固，应该趁他们军势还没形成，皇上亲自出兵迎战”。郗鉴说：“这帮逆贼气焰嚣张，势头确实挡不住，只能用计谋智取，不能硬拼。而且王含等人号令不统一，到处抢劫，官吏百姓受过他们往年的抢掠之苦，都会自发防守。我们顺应天道人心，还怕打不赢吗！再说贼寇没有长远谋划，只靠一股蛮劲想速战速决；只要拖延时间，肯定能激发义士的斗志，让有智有谋的人发挥作用。现在用我们这点弱兵对抗强敌，想在短时间内决胜负，万一失败了，就算有像申包胥那样的忠臣想救国，也弥补不了已经发生的损失啊！”皇帝听了才放弃亲征的想法。
皇帝率领各路军队驻守南皇堂。癸酉日夜里，招募了一批壮士，派将军段秀、中军司马曹浑等人率领一千名披甲士兵渡江，趁敌军没防备突然袭击。第二天清晨，在越城交战，大败敌军，斩杀了他们的前锋将领何康。段秀是段匹磾的弟弟。
王敦听说王含战败，大怒道：“我哥哥就是个老糊涂！家族要衰败了，大事没希望了！”他回头对参军吕宝说：“我要亲自上阵。”说着就挣扎着想站起来，可身体太虚弱，又躺下了，于是对他的舅舅少府羊鉴和王应说：“我死了，王应就即位，先设立朝廷百官，再办我的丧事。”不久王敦就死了，王应封锁消息不发丧，用席子裹住尸体，外面涂了蜡，埋在厅堂里，然后和诸葛瑶等人日夜喝酒玩乐。
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