戊申这天，后燕王熙尊奉后燕主慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏是王熙的养母。己酉这天，立苻贵嫔为皇后，宣布大赦。
辛亥这天，桓玄把退位的皇帝迁到寻阳。
后燕任命卫尉悦真为青州刺史，镇守新城；任命光禄大夫卫驹为并州刺史，镇守凡城。
癸丑这天，桓玄把桓温的神主送入太庙。他亲自到听讼观审查囚犯，无论罪行轻重，大多都被赦免释放；有拦着车马乞讨的人，他有时也会体恤施舍。他就是这样喜欢施行小恩小惠。
这一年，北魏君主拓跋珪开始命令有关部门制作官员的冠服，按照官阶品级区分等级。但当时制度刚刚创立，很多都不遵循古代的规制。
元兴三年甲辰年，也就是公元404年。
春天正月，桓玄立他的妻子刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄因为他的祖父桓彝以上祖先的名位不够显赫，就不再追尊他们并建立祖庙。散骑常侍徐广说：“尊敬父亲，儿子就会高兴，请按照旧例建立七庙。”桓玄说：“按照礼仪，太祖的牌位面朝东，左边是昭，右边是穆。晋朝建立七庙，宣帝却不能处在正东的位置，有什么值得效仿的！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙祭祀真的连祖先都顾及不到，就可以知道楚国的国运不会长久了。”徐广是徐邈的弟弟。
桓玄自从登上帝位后，心里常常不安。二月己丑初一，夜里，涛水涌入石头城，淹死了很多人，喧哗声震天动地。桓玄听到后，害怕地说：“奴才们要造反了！”
桓玄性情苛刻琐碎，喜欢自夸。官员上奏事情，有时有一个字不规范，有时有一句话说错了，他必定会加以指责，以此显示自己聪明。尚书回答诏书时误把“春蒷”写成“春菟”，从左丞王纳之往下，凡是参与签署的官员，都被降职罢免。他有时亲手批注任免官吏，有时自己任用令史，诏令繁多杂乱，官员们忙着应付答复都来不及，而朝廷的法度却混乱不堪，奏章案卷堆积如山，他也不管。他又喜欢出游打猎，有时一天出去好几次。他迁居到东宫，又修缮宫殿，土木工程同时兴起，督促进度非常严厉，朝廷内外骚动不安，很多人都想作乱。
桓玄派使者加封益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军。毛璩扣留了桓玄的使者，不接受他的任命。毛璩是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令众将戍守三巴地区来防备毛璩。毛璩向远近地区传布檄文，列举桓玄的罪状，派巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之打败了桓希等人，接着率领部众进军驻守白帝。
刘裕跟随徐、兖二州刺史，安成王桓修入朝。桓玄对王谧说：“刘裕的风度气质不一般，是个人中豪杰。”每次游乐聚会，桓玄必定殷勤地接待他，赏赐非常丰厚。桓玄的皇后刘氏，有智慧和洞察力，对桓玄说：“刘裕走路像龙，步伐像虎，神态不凡，恐怕最终不会屈居人下，不如早点除掉他。”桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没有谁可以任用；等平定了关、河地区，再另外商议这件事吧。”
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；任命刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘是桓修的弟弟；刁逵是刁彝的儿子。
刘裕和何无忌同乘一条船回到京口，秘密谋划恢复晋朝皇室。刘迈的弟弟刘毅住在京口，也和何无忌谋划讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏势力强大，能对付得了吗？”刘毅说：“天下的事本来就有强有弱，如果行事不合道义，再强也会变弱，只担心找不到主持大事的人罢了。”何无忌说：“天下民间并非没有英雄。”刘毅说：“我所看到的只有刘下邳（指刘裕）。”何无忌笑着不说话，回去后把这事告诉了刘裕，于是和刘毅定下了计谋。
当初，太原人王元德和他的弟弟王仲德为苻氏起兵攻打后燕主慕容垂，没成功，逃奔到晋朝，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说：“自古以来改朝换代确实不止一族，但现在起来反抗的人恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶是青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见到他后很喜欢，对刘迈说：“在出身寒微的读书人中找到一个合适的尚书郎，你和他是同州人，难道不认识吗？”刘迈向来和孟昶关系不好，回答说：“我在京口时，没听说孟昶有什么特殊才能，只听说他们父子之间常常互相赠诗罢了。”桓玄笑了笑，就不再提这事了。孟昶听说后很恨刘迈，回到京口后，刘裕对孟昶说：“民间应当会有英雄崛起，你听说过吗？”孟昶说：“如今的英雄还能有谁，正是你啊！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之，一起合谋起兵。刘道规是桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到江北和刘道规、孟昶会合，一起杀掉桓弘，占据广陵；诸葛长民是刁逵的参军，派诸葛长民杀掉刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之在健康，让他们聚集部众攻打桓玄作为内应；约定时间一起行动。
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