孟昶的妻子周氏家境富裕，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前诋毁我，害得我一生都要沉沦，我决定要起兵反抗。你最好早点和我断绝关系，要是将来我得了富贵，再迎接你回来也不晚。”周氏说：“你父母还在世，想要谋划这样非同寻常的大事，哪里是我一个妇人能劝得了的！就算事情没成，我也会在官府里侍奉公婆，从道义上讲，我没有离开你的道理。”孟昶惆怅了很久才起身。周氏追上他让他坐下，说：“看你的举动，不是要和我商量什么，不过是想要财物罢了。”接着指着怀里的孩子给他看，说：“就算是卖了这个孩子，我也不会吝惜。”于是把家里的钱财都拿出来给了孟昶。孟昶弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏骗她说：“昨天夜里做了个很不吉利的梦，家里红色的东西应该都拿出来镇邪。”堂妹信了她的话，把红色物品都给了她，周氏就把这些东西全都缝成了军士的战袍。
何无忌夜里在屏风后起草檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上梯子偷偷看他，哭着说：“我比不上东海的吕母，这是很明显的了。你能有这样的举动，我还有什么遗憾的！”她问和何无忌一起谋划的人是谁，何无忌说：“是刘裕。”他母亲更高兴了，还给他讲桓玄必定失败、起兵必定成功的道理来鼓励他。
乙卯这天，刘裕借口打猎，和何无忌召集了一百多个同伙。丙辰这天一早，京口城门打开，何无忌穿着传诏官的衣服，谎称是皇帝的使者，走在前面，同伙们跟着一起进城，立刻斩杀了桓修并示众。桓修的司马刁弘率领文武官员赶来，刘裕登上城墙对他们说：“郭江州已经在寻阳侍奉皇帝复位了，我们都接到秘密诏书，要诛杀叛逆党羽，现在逆贼桓玄的头应该已经挂在大航了。各位难道不是大晋的臣子吗？现在过来想做什么？”刁弘等人相信了，就收兵退走了。
刘裕问何无忌：“现在急需一个府主簿，从哪里能找到呢？”何无忌说：“没人比刘道民更合适。”刘道民就是东莞人刘穆之。刘裕说：“我也认识他。”立刻派人骑马去召见他。当时刘穆之听到京口有喧哗声，一早就出门到路口，正好和使者遇上。刘穆之盯着使者看了很久没说话，接着回到屋里，把粗布衣服改成裤子，就去见刘裕了。刘裕说：“我们刚举起大义的旗帜，正处在艰难的时候，急需一个军吏，你觉得谁能胜任？”刘穆之说：“您的府署刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有比我更合适的了。”刘裕笑着说：“你能屈就，我的大事就成了。”当即就任命他为主簿。
孟昶劝说桓弘当天出去打猎，天还没亮，桓弘就打开城门让猎人们出去；孟昶和刘毅、刘道规率领几十个壮士直接冲进去，桓弘正在喝粥，立刻就被斩杀了。他们趁机召集部众渡过长江。刘裕派刘毅诛杀了刁弘。
在此之前，刘裕派同谋周安穆进入建康报告刘迈，刘迈虽然答应了，但心里很害怕。周安穆担心事情泄露，就骑马回去了。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想赶紧去郡里上任。当天夜里，桓玄给刘迈写信说：“北府那边的人心怎么样？你最近见了刘裕，他说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了他们的谋划，一早就去告诉了桓玄。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌弃刘迈没抓住周安穆，让他跑了，就杀了刘迈，还把王元德、辛扈兴、童厚之等人全都杀了。
大家推举刘裕为盟主，总管徐州事务，任命孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城来应募的人，刘裕都让郡主簿刘钟统领。丁巳这天，刘裕率领徐、兖二州的一千七百人马，在竹里驻军，向远近地区发布檄文，声称益州刺史毛璩已经平定了荆楚地区，江州刺史郭昶之在寻阳侍奉皇帝复位，镇北参军王元德等人都率领部众占据了石头城，扬武将军诸葛长尼已经占据了历阳。
桓玄把住处迁回皇宫，召集侍从官员都住进官署里；加封扬州刺史新安王桓谦为征讨都督，让殷仲文代替桓修做徐、兖二州刺史。桓谦等人请求赶紧派兵攻打刘裕，桓玄说：“他们的士兵很精锐，抱着必死的决心，如果有什么失误，他们的士气就会高涨而我的大事就完了；不如把大军屯在覆舟山等着他们。他们空跑二百里路，什么也得不到，锐气已经受挫，突然见到大军，必定会惊慌失措；我们按兵不动列好阵势，不和他们交锋，他们求战不成，自然就会溃散退走，这是最好的计策。”桓谦等人坚持请求攻打，桓玄才派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后北上。桓玄心里特别担忧害怕。有人说：“刘裕等人是乌合之众，势力弱小，肯定成不了事，陛下何必这么担心！”桓玄说：“刘裕算得上是一代枭雄，刘毅家里连一石粮食的储备都没有，却敢在赌博时一掷百万，何无忌很像他的舅舅刘牢之；他们一起举事，怎么能说成不了事呢！”
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