义熙元年乙巳年，也就是公元405年。
春天正月，南阳太守扶风人鲁宗之起兵袭击襄阳，桓蔚逃往江陵。己丑日，刘毅等各路军队到达马头。桓振挟持皇帝出兵屯驻在江津，派使者请求割让江、荆二州，以此奉送天子返回；刘毅等人不答应。辛卯日，鲁宗之在柞溪打败了桓振的将领温楷，进军屯驻在纪南。桓振留下桓谦、冯该镇守江陵，自己领兵和鲁宗之交战，把鲁宗之打得大败。刘毅等人在豫章口打败了冯该，桓谦放弃城池逃跑。刘毅等人进入江陵，抓住卞范之等人，把他们杀了。桓振返回，望见城中起火，知道江陵已经陷落，他的部众全部溃散，桓振逃到涢川。
乙未日，朝廷下诏，重大事务的处理全都委托给冠军将军刘毅。
戊戌日，宣布大赦，改年号为义熙，只有桓氏一族不被宽恕；因为桓冲忠于王室，特别赦免了他的孙子桓胤。任命鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军、都督益、梁、秦、凉五州诸军事，毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史。刘怀肃追击冯该到石城，将其斩杀，桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷都逃奔后秦。桓怡是桓弘的弟弟。
后燕王熙讨伐高句丽。戊申日，攻打辽东。城池即将陷落时，王熙命令将士们：“不准抢先登城，等铲平城墙后，我和皇后乘车进城。”因此城中得以严密防备，最终没能攻克，只好返回。
秦王姚兴任命鸠摩罗什为国师，像对待神一样侍奉他，亲自率领群臣和僧人听鸠摩罗什讲解佛经，又命令鸠摩罗什翻译西域的佛经、论着三百多卷，大规模建造佛塔寺庙，坐禅的僧人常常有上千人。公卿以下的官员都信奉佛教，从此州郡也受到影响，信奉佛教的人十家有九家。
乞伏乾归攻打吐谷浑的大孩，把他打得大败，俘虏了一万多人后返回，大孩逃到胡园死去。视罴的世子树洛干率领剩余的部众几千家逃奔莫何川，自称车骑大将军、大单于、吐谷浑王。树洛干减轻徭役赋税，有功必赏，有罪必罚，吐谷浑重新兴盛起来，沙、漒一带的各戎族都归附了他。
西凉公李暠自称大将军、大都督、领秦、凉二州牧，宣布大赦，改年号为建初，派舍人黄始、梁兴秘密前往建康进献表章。
二月丁巳日，留守朝廷的官员准备好皇帝的车驾前往江陵迎接皇帝，刘毅、刘道规留下屯驻夏口，何无忌侍奉皇帝向东返回。
当初，毛璩听说桓振攻陷江陵，率领三万部众顺流东下，准备讨伐他，派他的弟弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗从外水出兵，参军巴西人谯纵、侯晖从涪水出兵。蜀地人不愿意远征，侯晖到了五城水口，和巴西人阳昧谋划作乱。谯纵为人温和谨慎，蜀地人都爱戴他，侯晖、阳昧一起逼迫谯纵做首领，谯纵不答应，逃到水里；被拉上来后，又被士兵逼着登上车，谯纵又趴在地上，叩头坚决推辞，侯晖把谯纵绑在车上。返回后，在涪城袭击毛瑾，杀了他，推举谯纵为梁、秦二州刺史。毛璩到了略城，听说变故，逃回成都，派参军王琼领兵讨伐谯纵，被谯纵的弟弟谯明子打败，战死的人有十分之八九。益州的营户李腾打开城门接纳谯纵的军队，杀了毛璩和他的弟弟毛瑗，诛灭了他们全家。谯纵自称成都王，任命堂弟谯洪为益州刺史，任命谯明子为巴州刺史，屯驻白帝。从此蜀地大乱，汉中空虚，氐王杨盛派他哥哥的儿子平南将军杨抚占据了汉中。
癸亥日，北魏君主拓跋珪从豺山返回，撤销尚书三十六曹。
三月，桓振从郧城袭击江陵，荆州刺史司马休之战败，逃奔襄阳，桓振自称荆州刺史。建威将军刘怀肃从云杜领兵迅速赶来，和桓振在沙桥交战；刘毅派广武将军唐兴援助他，在战场上将桓振斩杀，重新夺取江陵。
甲午日，皇帝到达建康。乙未日，百官到皇宫请罪，皇帝下诏命令他们恢复职位。
尚书殷仲文因为朝廷音乐不完备，向刘裕进言，请求整治。刘裕说：“现在没有空闲时间顾及这个，而且我生性不懂音乐。”殷仲文说：“喜欢它自然就会懂。”刘裕说：“正因为懂了就会喜欢它，所以我才不学习啊。”
庚子日，任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史照旧，刘毅为左将军，何无忌为右将军、督豫州、扬州五郡军事、豫州刺史，刘道规为辅国将军、督淮北诸军事、并州刺史，魏咏之为征虏将军、吴国内史。刘裕坚决辞让不接受，朝廷又加授他录尚书事，他还是不接受，多次请求返回藩镇；皇帝下诏让百官敦促劝进，皇帝还亲自到他的府第。刘裕惶恐不安，又到皇宫陈述请求，皇帝才允许他返回藩镇。任命魏咏之为荆州刺史，代替司马休之。当初，刘毅曾经担任刘敬宣的宁朔参军，当时有人用雄杰来称赞他。刘敬宣说：“非凡的人才自有气度，怎么能就说他是人中豪杰呢！这个人的性格，外表宽厚而内心猜忌，自夸而又好胜，如果一旦得志，也会因为欺凌上级而招致灾祸。”刘毅听说后很恨他。等到刘敬宣担任江州刺史，他以没有功劳为由推辞，认为自己不应该比刘毅等人先受到任用，刘裕不答应。刘毅派人对刘裕说：“刘敬宣没有参与最初的谋划。猛将和有功劳的大臣，正需要按功行赏；像刘敬宣这样的人，应该排在后面。如果您不忘过去的交情，只可以让他做员外常侍。听说已经授予他郡守的职位，实在是过于优厚了；不久又要让他担任江州刺史，更让人惊讶惋惜。”刘敬宣更加不安，自己上表请求解除职务；于是被召回担任宣城内史。
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