北魏丞相太原王乙浑独揽朝政大权，诛杀了很多人。安远将军贾秀掌管吏部事务，乙浑多次对贾秀说，要为他的妻子请求称公主，贾秀说：“公主岂是庶姓所能称的！我宁愿今天去死，也不能让后世取笑！”乙浑发怒，骂道：“老奴才，吝啬！”恰逢侍中拓跋丕告发乙浑谋反，初二，冯太后收捕乙浑，将他诛杀。贾秀是贾彝的儿子；拓跋丕是烈帝的玄孙。太后临朝听政，召中书令高允、中书侍郎渔阳人高闾和贾秀共同参与朝政。
沈怀明、张永、萧道成等人在九里以西驻军，与东军相持。东军听说义兴战败，都很震惊恐惧。皇上派遣积射将军济阳江方兴、御史王道隆到晋陵视察东军的形势。孔觊的将领孙昙瓘、程扞宗等人排列五座城，互相连接。程扞宗的城还没筑坚固，王道隆和众将领谋划说：“程扞宗的城既然还没建成，我们可以借此机会，上能符合皇上的旨意，下能鼓舞士气。”初三，王道隆率领部下猛攻，攻克该城，斩杀程扞宗。张永等人趁机乘胜进攻孙昙瓘等人，初四，孙昙瓘等人兵败，与袁标一起弃城逃跑，于是攻克晋陵。
吴喜的军队抵达义乡。孔璪屯驻在吴兴南亭，太守王昙生到孔璪那里商议事情；听说朝廷的军队已经逼近，孔璪非常恐惧，从床上跌下来，说：“悬赏捉拿的人，只有我而已；现在不赶快逃跑，将会被人擒获！”于是和王昙生逃往钱唐。吴喜进入吴兴，任农夫领兵前往吴郡，顾琛弃郡逃往会稽。皇上因四郡已经平定，便留下吴喜让他统领沈怀明等众将领向东攻打会稽，召张永等人向北攻打彭城，江方兴等人向南攻打寻阳。
任命吏部尚书蔡兴宗为左仆射，侍中褚渊为吏部尚书。
初九，吴喜抵达钱唐，孔璪、王昙生逃往浙东。吴喜派遣强弩将军任农夫等人领兵前往黄山浦；东军据守河岸扎寨，任农夫等人击败他们。吴喜从柳浦渡江，夺取西陵，攻击斩杀庾业。会稽人非常恐惧，将士大多逃跑，孔觊不能制止。二十日，上虞县令王晏起兵攻打郡城，孔觊逃奔嵴山；车骑从事中郎张绥封锁府库等待吴喜。二十一日，王晏入城，杀死张绥，在别署抓获寻阳王刘子房。放纵士兵大肆抢掠，府库都被抢空；抓获孔璪，将他杀死。二十二日，嵴山百姓捆绑着孔觊送给王晏，王晏对他说：“这件事是孔璪干的，和你无关，你可以写份自首的供词，我会为你向皇上申诉。”孔觊说：“江东的安排部署，没有一件不是由我做主；把罪责推给别人以求活命，这是你们这类人的做法罢了。”王晏于是将他斩杀。顾琛、王昙生、袁标等人到吴喜那里认罪，吴喜都宽恕了他们。东军的主将共有七十六人，在阵前斩杀十七人，其余的都被宽恕。
薛索儿攻打申阐，长时间不能攻下；派申令孙进入睢陵劝说申阐，申阐出城投降，薛索儿连同申令孙一起将他杀死。
山阳王刘休佑在历阳，辅国将军刘勔进军小岘。殷琰所任命的南汝阴太守裴季之献合肥来投降。
邓琬性情浅薄昏昧贪婪吝啬，掌握大权后，父子俩卖官鬻爵，让婢女仆人到集市上贩卖物品；饮酒高歌下棋赌博，日夜不停；自高自大，宾客上门，过了十几天也见不到他；内部事务都委托给褚灵嗣等三人，一群小人横行霸道，竞相作威作福。于是士人百姓怨恨，内外离心。
邓琬派遣孙冲之率领龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等一万兵力作为前锋，据守赭圻。孙冲之在路上给晋安王刘子勋写信说：“船只已经准备好，器械也已整理完毕，三军踊跃，人人争相效命；正想沿流扬帆，直取白下。希望迅速派遣陶亮的军队兼程赶来接应，分兵据守新亭、南州，那么一声令下就能平定局势。”刘子勋加封孙冲之为左卫将军；任命陶亮为右卫将军，统领郢、荆、湘、梁、雍五州的兵力共二万人，同时东下。陶亮本来就没有才干谋略，听说建安王刘休仁亲自出征，殷孝祖又已赶到，不敢前进，驻军在鹊洲。
殷孝祖倚仗自己的忠诚气节，欺凌众将领，朝廷军队中凡有父子兄弟在南方的，殷孝祖都想追究治罪。因此人心背离，没有人愿意为他效力。宁朔将军沈攸之，对内安抚将士，对外协调各将领，众人都依赖他。殷孝祖每次作战，常常让仪仗鼓盖跟随自己，军中的人相互议论说：“殷统军可以说是个要死的将领了！现在与贼军交锋，却用仪仗来显示自己，如果有十个善于射箭的人一起射他，想不死，可能吗？”三月初三，众军水陆并进，攻打赭圻；陶亮等人领兵救援，殷孝祖在阵中被流箭射中，死去。军主范潜率领五百人向陶亮投降。人心震惊恐惧，都认为沈攸之应该代替殷孝祖担任统领。
当时建安王刘休仁屯驻在虎槛，派遣宁朔将军江方兴、龙骧将军襄阳人刘灵遗各率领三千人赶赴赭圻。沈攸之认为殷孝祖已死，陶亮等人有乘胜进攻的心思，第二天如果不主动进攻，就会显示出己方的虚弱。江方兴和自己职位相当，肯定不会屈居自己之下；军政不统一，是导致失败的原因。于是他率领各位军主去见江方兴，说：“现在四方都在反叛，国家所能保全的，已经没有超过百里的土地了。只有殷孝祖被朝廷托付重任，可刚一交战，就战死沙场，文武官员士气低落，朝廷内外人心惶惶。事情能否成功，就看明天这一战了；如果作战不能取胜，那么国家大事就完了。明天的战事，众人或许认为应该由我统领，但我自认为懦弱无能，才干谋略都比不上您。现在就推举您为统领，只希望我们能共同努力。”江方兴非常高兴，答应了。沈攸之出来后，各位军主都责怪他，沈攸之说：“我本来是为了拯救国家、保全家族，怎么会计较职位的升降呢！况且我能屈居他之下，他却一定不能屈居我之下。共同渡过难关，怎么能自己制造矛盾呢！”孙冲之对陶亮说：“殷孝祖是一员猛将，一仗就死了，天下的事情已经平定了，不需要再交战，应该直接攻取京都。”陶亮没有听从。
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