有人撰写了《河间道行军元帅刘祥道破铜山大贼李义府露布》（捷报），张贴在交通要道上。李义府曾掠夺了许多人的奴婢，他败落后，这些奴婢都各自逃回了家中，因此捷报中写道：“混杂的奴婢被随意释放，各自认出家门争相涌入。”乙未日，朝廷在新罗国设置鸡林大都督府，任命金法敏为大都督。
丙午日，蓬莱宫含元殿建成，皇帝开始迁移仪仗前往居住，将原来的皇宫改名为西内。戊申日，皇帝首次亲临紫宸殿处理朝政。
五月壬午日，柳州蛮族酋长吴君解反叛；朝廷派遣冀州长史刘伯英、右武卫将军冯士翙征调岭南军队前往讨伐。
吐蕃与吐谷浑相互攻打，各自派遣使者上表朝廷，争论是非曲直，还轮番前来请求援军；皇帝都没有批准。
吐谷浑大臣素和贵犯了罪，逃奔吐蕃，详细告知了吐谷浑的虚实情况，吐蕃于是发兵进攻吐谷浑，大败吐谷浑军队。吐谷浑可汗曷钵与弘化公主率领数千帐部众放弃国家，逃往凉州依附唐朝，请求迁徙到唐朝内地居住。皇帝任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率领右武卫将军独孤卿云、辛文陵等人分别屯驻凉州、鄯州，防备吐蕃入侵。六月戊申日，又任命左武卫大将军苏定方为安集大使，调度节制各路军队，作为吐谷浑的援军。
吐蕃禄东赞屯兵青海，派遣使者论仲琮入朝觐见，上表陈述吐谷浑的罪行，并且请求与唐朝和亲。皇帝没有同意，派遣左卫郎将刘文祥出使吐蕃，颁发玺书斥责吐蕃。
秋季八月戊申日，皇帝因辽东地区连年用兵，百姓被征调所困扰，士兵战死、溺死的人数很多，下诏停止三十六州的造船工程，派遣司元太常伯窦德玄等人分别前往十道，慰问百姓疾苦，考核升降地方官员。窦德玄是窦毅的曾孙。
九月戊午日，熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等人在白江击败百济残余部众及倭国军队，攻克百济都城周留城。
起初，刘仁愿、刘仁轨攻克真岘城后，朝廷下诏命令孙仁师率领军队渡海援助他们。百济王丰向南勾结倭国军队抵抗唐军。孙仁师与刘仁愿、刘仁轨合兵一处，声势大振。众将领认为加林城是水陆交通要冲，想要先攻打它，刘仁轨说：“加林城地势险要坚固，急于攻打会伤亡很多士兵，拖延时日则会旷日持久。周留城是敌人的巢穴，群凶聚集之地，除恶必须根除源头，应当先攻打周留城；如果攻克周留城，其他城池自然会不攻自破。”于是孙仁师、刘仁愿与新罗王金法敏率领陆军进军，刘仁轨与副将杜爽、抚馀隆率领水军及粮船从熊津驶入白江，与陆军会合，一同奔赴周留城。在白江口遭遇倭国军队，四战四捷，烧毁倭国战船四百艘，烟火冲天，海水都被染成了红色。百济王丰脱身逃往高丽，王子忠胜、忠志等人率领部众投降，百济被彻底平定，只有偏将迟受信据守任存城，没有被攻克。
起初，百济西部人黑齿常之，身高七尺多，骁勇善战且富有谋略，在百济担任达率兼郡将，相当于唐朝的刺史。苏定方平定百济时，黑齿常之率领部下随同众人投降。苏定方囚禁了百济王及太子，放纵士兵劫掠，百济的青壮年大多被杀死。黑齿常之感到恐惧，与手下十多人逃回本部族，收集逃亡离散的部众，据守任存山，修建营栅自卫，一个月之内，归附他的人就有三万多。苏定方派遣军队攻打他，黑齿常之率军抵抗，唐军失利；黑齿常之又攻占了二百多座城池，苏定方无法攻克，只好撤军返回。黑齿常之与另一部落将领沙吒相如各自据守险要之地响应福信，百济战败后，两人都率领部众投降唐朝。刘仁轨派黑齿常之、沙吒相如亲自率领部下攻打任存城，并供给他们粮草和武器。孙仁师说：“这些人都是野兽心肠，怎么能相信呢！”刘仁轨说：“我看这两个人都忠诚勇敢、富有谋略，诚实守信、重视道义；只是从前他们所托付的人不对，如今正是他们感激朝廷、立功报效的时候，不必怀疑。”于是供给他们粮草武器，还分兵跟随他们，最终攻克了任存城，迟受信抛弃妻子儿女，逃往高丽。
朝廷下诏命令刘仁轨率领军队镇守百济，召孙仁师、刘仁愿返回唐朝。百济经过战乱之后，家家户户破败残缺，尸体遍野。刘仁轨首先下令埋葬尸体，登记户籍，整理村落，任命官长，开通道路，修建桥梁，修补堤坝，恢复陂塘，督促百姓耕种纺织，赈济贫困人家，赡养孤寡老人，建立唐朝的宗庙社稷，颁布唐朝的历法和宗庙讳字；百济百姓非常高兴，全境都安居乐业。之后，刘仁轨又下令修筑屯田，储备粮食，训练士兵，为攻打高丽做准备。
刘仁愿回到长安后，皇帝问他：“你在海东地区，前后上奏的事情，都合乎时宜，而且文理通顺。你本来是武将，怎么能做到这样呢？”刘仁愿回答：“这都是刘仁轨做的，不是我能比得上的。”皇帝很高兴，将刘仁轨的官阶提升六级，正式任命他为带方州刺史，还在长安为他建造住宅，厚赏他的妻子儿女，并派遣使者携带玺书前去慰劳勉励他。上官仪说：“刘仁轨遭受贬谪却能尽忠报国，刘仁愿手握兵权却能推荐贤才，都可以称得上是君子了。”
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