冬季十月辛巳朔日，皇帝下诏让太子每五天在光顺门内处理各部门上奏的事务，那些小事都委托太子裁决。
十二月庚子日，皇帝下诏更改明年的年号。
壬寅日，任命安西都护高贤为行军总管，率领军队攻打弓月部，援救于阗。
这一年，大食国攻打波斯、拂菻（东罗马帝国），将两国击败；又向南入侵婆罗门（古印度），吞并了各个胡人部落，拥有兵力四十多万。
麟德元年甲子（公元664年）
春季正月甲子日，朝廷将云中都护府改名为单于大都护府，任命殷王李旭轮为单于大都护。
起初，李靖击败突厥后，将三百帐突厥人迁移到云中城，任命阿史德氏为他们的首领。到这时，该部落人口逐渐增多，阿史德氏前往朝廷，请求按照突厥的习俗立一位亲王为可汗来统领他们。皇帝召见他，对他说：“如今的可汗，就是古代的单于。”因此将云中都护府改名为单于大都护府，让殷王李旭轮遥领大都护之职。
二月戊子日，皇帝前往万年宫。
夏季四月壬子日，卫州刺史道孝王李元庆去世。
丙午日，魏州刺史郇公李孝协因贪污受贿获罪，被赐死。司宗卿陇西王李傅义等人上奏说，李孝协的父亲李叔良为国家战死，李孝协没有兄弟，恐怕会断绝子嗣。皇帝说：“法律是统一的，不能因亲疏而有所不同，如果伤害百姓，即使是皇太子也不能赦免。李孝协有一个儿子，何必担心断绝祭祀呢！”李孝协最终在自己家中自尽。
五月戊申朔日，遂州刺史许悼王李孝去世。
乙卯日，朝廷在昆明的弄栋川设置姚州都督府。
秋季七月丁未朔日，皇帝下诏，定于麟德三年正月前往泰山举行封禅大典。
八月丙子日，皇帝返回京师长安，前往旧时的住宅居住，停留了七天；壬午日，返回蓬莱宫。
丁亥日，任命司列太常伯刘祥道兼任右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。冬季十月庚辰日，检校熊津都督刘仁轨上奏说：“臣观察留在百济的戍兵，疲惫瘦弱的居多，勇敢健壮的较少，衣服破旧，只想返回西边故乡，没有心思为国效力。臣问他们：‘从前在海西时，看到百姓人人自愿应募，争相想要从军，有的还请求自己置办衣物粮食，称之为“义征”，为什么如今士卒却这样呢？’他们都说：‘如今的官府和从前不同，人心也不一样了。从前东西征战，士兵为国捐躯，都会承蒙皇帝派遣使者吊唁祭祀，追赠官爵，有的还把死者的官爵转授给他的弟弟；凡是渡过辽海征战的，都赐勋级一级。自显庆五年以来，出征的士兵多次渡海，官府不记录他们的功劳，战死的人也无人过问。州县每次征调百姓当兵，那些年轻力壮且富裕的人，花钱行贿，都能逃避征召；贫穷的人即使年老体弱，也会被强行征召入伍。不久前攻破百济及平壤的苦战中，当时将帅发号施令，许诺的功勋赏赐无所不有；等到返回西岸，只听说被枷锁囚禁、剥夺赏赐、取消勋级，还被州县官吏催逼勒索，无法生存，公私困苦，难以尽言。因此上次从海西出发时，就已经有逃亡或自残避役的人，并非到了海外才这样。此外，本来百姓是凭借征战获得的勋级为荣宠；但近年出征，都让勋官拉车服役，劳苦与普通百姓没有区别，百姓不愿从军，大概都是因为这个原因。’臣又问：‘从前士卒留镇五年，尚且能够维持，如今你们才经过一年，为什么如此匮乏？’他们都说：‘当初离家时，官府只让准备一年的物资装备；如今已经两年了，还没有返回的日期。’臣检查士兵留存的衣物，今年冬天勉强可以应付，明年秋天以后，完全没有准备。陛下留兵海外，想要消灭高丽。百济、高丽向来相互勾结支援，倭国虽然遥远，也会相互呼应，如果没有镇兵，他们还会重新联合成一个国家。如今既需要派兵戍守，又要设置屯田，所依靠的是士卒同心同德，但众人有这样的想法，怎能指望成功！如果不进行改革，给予丰厚的慰劳，明确奖赏、严厉惩罚来鼓舞士气，只是像如今这样处置，恐怕军队疲惫衰老，难以建功。逆耳的忠言，或许没有人敢向陛下完全陈述，因此臣披肝沥胆，冒死上奏。”
皇帝深表赞同并采纳了他的意见，派遣右威卫将军刘仁愿率领军队渡海替换原来的镇兵，还下令让刘仁轨一同返回。刘仁轨对刘仁愿说：“国家孤军驻守海外，想要谋划攻取高丽，这件事并不容易。如今粮食还没有收割完毕，如果军吏和士卒一次性全部替换，将领也返回国内；夷人刚刚归服，人心尚未安定，必定会发生变乱。不如暂且留下旧兵，逐步收割粮食，置办物资粮草，分批遣送他们返回；将领暂且留下镇守安抚，不能返回。”刘仁愿说：“我之前返回海西，遭到很多谗言诽谤，说我多留士兵，图谋占据海东，几乎难逃灾祸。如今只知道按照敕令行事，怎敢擅自做主！”刘仁轨说：“臣子如果对国家有利，就应该知无不为，怎能顾虑个人安危！”于是上奏陈述利弊，请求亲自留下镇守海东。皇帝批准了他的请求。还任命扶馀隆为熊津都尉，让他招抚百济残余部众。
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