宗均平定武陵蛮：
谒者南阳人宗均（时任监军）在马援军中。马援死后，士兵因瘟疫死去大半，蛮兵也饥饿困乏。宗均就同将领们商议道：“如今路途遥远，士兵患病，无法作战，我想权且代表朝廷接受敌人投降，怎么样？”将领们都伏在地上不敢应声。宗均说：“忠臣远在境外，若有可以安定国家的办法，可以专断。”于是假传圣旨，调伏波将军司马吕种代理沅陵县长，命他带着诏书进入敌营，宣告朝廷的恩德信义，自己率军尾随其后。蛮人震惊恐惧。
冬季，十月： 蛮人一起杀死首领投降。于是宗均进入蛮兵大营，遣散部众，命他们各回本部，为当地设置官吏后班师，武陵蛮叛乱就此平定。宗均还未到京城，先弹劾自己假传圣旨之罪。光武帝嘉奖他的功劳，派人迎接，赏赐金帛，让他路过家乡时祭扫祖坟。
安置乌桓：
本年，辽西乌桓部落首领郝旦等率领部众归附汉朝。光武帝下诏封乌桓各级首领共八十一人为侯、王、君长，让他们定居塞内，分布在北部沿边各郡，命他们招揽本族人，官府供给衣食。于是他们成为汉朝侦察敌情的耳目，协助攻击匈奴、鲜卑。
当时司徒掾班彪上书说：“乌桓人天性轻狂狡黠，好做强盗，如果长期放纵而没有总管首领，必定会再次劫掠居民。只委派主持投降事务的低级官吏，恐怕不能控制他们。臣愚见认为应当重新设置乌桓校尉，这确实有益于招抚归附，减轻国家的边防忧虑。”光武帝采纳了他的建议，于是在上谷郡宁城恢复设置乌桓校尉，建立营府，并负责对鲜卑的赏赐、接送人质以及每年定时的双边贸易。
光武帝建武二十六年（庚戌年，公元50年）
正月： 下诏增加文武百官俸禄。千石以上的官员，俸禄低于西汉旧制；六百石以下的官员，俸禄高于旧制。
营建陵墓： 开始营建光武帝的陵墓（寿陵）。光武帝说：“古代帝王下葬，都用陶人、瓦器、木车、茅草扎的马，使后人不知道陵墓所在。太宗（汉文帝）懂得生死的真义，景帝能遵循孝道。虽然天下大乱，霸陵唯独完好无损享受其福，岂不美好吗！现在陵墓占地不过二、三顷，不起山陵，不修池塘，只求不积水而已。使改朝换代之后，能与丘陇融为一体。”
正式册封南单于：
光武帝派中郎将段郴、副校尉王郁出使南匈奴，在王庭（距五原郡西部边塞八十里）正式册立南单于。使者命单于伏拜接受诏书，单于犹豫了一下，才伏地称臣。跪拜完毕后，他让翻译告诉使者：“单于新近即位，在左右臣僚面前实在羞愧，希望使者不要在众人中使我屈节失礼。”光武帝下诏允许南单于进入云中郡居住，开始设置“使匈奴中郎将”，率军护卫南单于。
南匈奴内乱与汉朝安置：
夏季，南单于俘虏的原北匈奴薁鞬左贤王，率领他的部众以及南匈奴的五位骨都侯共三万多人叛变，北归到距北匈奴王庭三百多里的地方，自立为单于。一个多月后，叛军内部互相攻击，五位骨都侯全都死去，左贤王自杀，各骨都侯的儿子各自拥兵自守。
秋季，南单于派儿子到洛阳当人质。光武帝下诏赐给南单于冠帽、腰带、印玺、车马、金帛、武器、日用器物。又从河东郡调拨二万五千斛干肉、三万六千头牛羊供应南匈奴。命令中郎将率领解除枷锁的刑徒五十人，跟随南单于，参与处理诉讼案件，观察动静。南单于每年底就派人送奏章到洛阳，送王子入朝；汉朝则派谒者将上一年的人质送回单于王庭，赐给单于、王后、左右贤王及以下官员彩色丝绸一万匹，年年如此。
于是，云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代郡等八郡流亡在外的百姓回归本土。朝廷派谒者分别率领解除枷锁的刑徒，修补整治城郭，遣返滞留内地的边民，让他们回到各县，都赐给治装费，供应粮食。
当时城郭已成废墟，需要重建。光武帝这才后悔当初迁徙边民内地的决定。
南匈奴移居美稷：
冬季，南匈奴五位骨都侯的儿子又率领部众三千人回归南匈奴。北单于派骑兵追击，将他们全部俘获。南单于派兵抵抗，交战不利。
于是光武帝再次下诏，让南单于移居到西河郡美稷县（今内蒙古准格尔旗西北），并派段郴、王郁留驻西河郡护卫。又命西河长史每年率领骑兵二千人、解除枷锁的刑徒五百人，协助中郎将护卫南单于，冬季屯驻，夏季撤回，从此成为常例。
南单于移居西河后，也分别设置各部首领，协助汉朝戍守北地、朔方、五原、云中、定襄、雁门、代郡。各部首领率领本部部众，为汉朝郡县充当侦察巡逻的耳目。北单于惊恐，交还了一些掠夺的汉朝百姓，以示善意。每当其突击部队南下骚扰，经过汉朝哨所时，总是道歉说：“我们只是追击逃亡的叛虏薁鞬日逐王罢了，不敢侵犯汉朝百姓。”
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