郗鉴驻守在广陵，当时广陵城孤立无援，粮食短缺，又靠近胡寇的势力范围，人心惶惶，没人有坚守的决心。郗鉴收到讨伐苏峻的诏书后，当即泪流满面地向将士们发誓，要入朝解救国难，将士们都深受感动，争相奋勇请战。郗鉴派将军夏侯长等人从小路前往寻阳，对温峤说：“有人听说叛贼想挟持天子向东逃往会稽，咱们应当先修建营垒，占据险要之地，这样既能防止叛贼逃跑，又能切断他们的粮道，然后实行坚壁清野的策略，等待叛贼来攻。叛贼攻不下城，野外又没什么可掠夺的，东边的退路被阻断，粮运自然就会断绝，到时候他们必然会自行溃败！”温峤对此深表赞同，认为这是个绝妙的计策。
五月，陶侃率领部众抵达寻阳。议事的人都议论说，陶侃会诛杀庾亮来向天下人谢罪；庾亮听后吓得心神不宁，只好采纳温峤的计策，主动去拜见陶侃请罪。陶侃见他突然下跪，便慌忙上前阻拦，惊讶地说：“庾元规（庾亮字）竟然要向我陶士行（陶侃字）下拜吗！”庾亮上前一步，满脸愧疚地主动承担罪责，言谈举止庄重得体，陶侃心中的不满渐渐消散，打趣道：“您当初修筑石头城来防备我，如今怎么反过来求我了呢！”随即拉着庾亮宴饮畅谈一整天，最终决定和庾亮、温峤一同进军建康。此时联军共有四万士兵，旌旗连绵七百多里，战鼓的声响，在远近各地都能听到，声势浩大。
苏峻听说西边的联军起兵，便采纳参军贾宁的计策，从姑孰撤军返回石头城据守，同时分兵抵御陶侃等人。
乙未日，苏峻逼迫晋成帝迁都石头城。司徒王导极力劝阻，可苏峻根本不听。成帝悲痛地哭着登上马车，皇宫里的人都放声大哭。当时天降大雨，道路泥泞不堪，刘超、钟雅徒步跟在成帝身边侍奉。苏峻给他们马匹，两人却不肯乘坐，只是神情悲愤地坚守着臣节。苏峻听说后，心中就十分厌恶他们，却也没敢立刻下手杀害。他安排自己的亲信许方等人担任司马督、殿中监，表面上说是负责皇宫警卫，实际上是为了监视防备刘超等人。苏峻把仓库的屋子改造成成帝的宫殿，还每天跑到成帝面前说些粗鄙丑恶的话。刘超、钟雅和右光禄大夫荀崧、金紫光禄大夫华恒、尚书荀邃、侍中丁潭始终在成帝身边侍从，一刻也不离开。当时发生饥荒，米价飞涨，苏峻送来的食物，刘超一概不接受；他早晚都恭敬地陪伴在成帝身边，臣子的礼节愈发恭谨。即便身处幽禁困境，刘超还时常为成帝讲解《孝经》《论语》，坚守着作为臣子的本分。
苏峻让左光禄大夫陆晔留守台城，又逼迫百姓全部聚集到后苑，另派匡术驻守苑城。
尚书左丞孔坦逃到陶侃军中，陶侃任命他为长史。
当初，苏峻曾派尚书张闿暂时统领东部军队，司徒王导暗中让张闿用太后的诏书晓谕三吴地区的官吏百姓，号召他们起兵救援天子。会稽内史王舒任命庾冰代理奋武将军，让他率领一万士兵西渡浙江。于是吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟、前义兴太守顾从等人都纷纷起兵响应。虞潭的母亲孙氏对虞潭说：“你应当舍生取义，别因为我年老就拖累你！”她还把家中的僮仆全都派去参军，变卖自己的首饰玉佩来充当军饷。蔡谟认为庾冰应当恢复原来的职位，当即辞去吴国内史的官职，把职位让给了庾冰。
苏峻听说东方起兵，就派部将管商、张健、弘徽等人前去抵御；虞潭等人与他们交战，双方互有胜负，虞潭的军队始终无法前进。
此时，陶侃、温峤的军队驻扎在茄子浦。温峤考虑到南方士兵熟悉水战，而苏峻的士兵擅长陆战，于是下令：“有敢上岸的将士，一律处死！”恰逢苏峻运送一万斛米去馈赠祖约，祖约派司马桓抚等人前去迎接。毛宝率领一千人担任温峤的前锋，他对士兵们说：“兵法上讲‘军令有时可以不遵守’，难道眼看着能攻击敌人，还能因为军令不上岸出击吗！”于是擅自领兵上岸袭击桓抚，把粮食全部缴获，还斩杀俘获了上万敌人，祖约的军队从此陷入了缺粮的困境。温峤随即上表举荐毛宝担任庐江太守。
陶侃上表举荐王舒监管浙东军事，虞潭监管浙西军事，郗鉴都督扬州八郡诸军事，下令王舒、虞潭都听从郗鉴的调度。郗鉴率领部众渡过长江，和陶侃等人在茄子浦会合，雍州刺史魏该也领兵前来会合。
丙辰日，陶侃等人的水军径直向石头城进发，抵达蔡洲。陶侃驻扎在查浦，温峤驻扎在沙门浦。苏峻登上烽火楼，望见联军兵力强盛，脸上露出畏惧的神色，对身边人说：“我早知道温峤能聚集这么多人马啊！”
庾亮派督护王彰袭击苏峻的党羽张曜，反而被张曜打败。庾亮把符节、印信送到陶侃那里请罪，陶侃却安慰道：“古人有三战三败仍能成事的，您才败了两次而已。现在事态紧急，不该这么频繁地请罪自责。”庾亮的司马、陈郡人殷融去见陶侃谢罪，推诿说：“这是将军（庾亮）的决定，不是我们这些人能劝阻的。”随后王彰也来请罪，却坦诚地说：“这是我自己领兵不力造成的失败，将军并不知情。”陶侃感叹道：“从前我以为殷融是君子，王彰是小人；如今看来，王彰才是君子，殷融倒是个小人！”
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