后凉吕超攻打姜纪，却没能攻克，转而攻打焦朗。焦朗派侄子焦嵩到河西王秃发利鹿孤那里做人质，请求救援，秃发利鹿孤派车骑将军秃发傉檀率军前往。等秃发傉檀赶到时，吕超已经撤退，焦朗却关闭城门拒绝他入城。秃发傉檀发怒，准备攻城，镇北将军俱延劝谏说：“安于故土、不愿迁移是人之常情。焦朗据守孤城，没有粮食，今年不投降，明年自然会归顺，何必多杀士兵去攻打他！如果攻城失利，他必定会投靠其他国家，我们放弃本州的百姓来资助相邻的敌人，不是好计策；不如用善意的言辞劝谕他。”秃发傉檀于是与焦朗讲和，随后在姑臧炫耀兵力，在胡阬扎营。
秃发傉檀料到吕超一定会来劫营，便预先准备好火把等待。吕超深夜派中垒将军王集率领两千精锐士兵去劫秃发傉檀的营寨，秃发傉檀却从容整军，没有出兵。王集进入营垒后，营内营外同时举起火把，光照如同白昼；秃发傉檀出兵反击，斩杀王集及三百多名披甲士兵。吕隆恐惧，假装与秃发傉檀讲和，请求在苑内结盟，秃发傉檀派俱延进城结盟。俱延怀疑有埋伏，直接拆毁苑墙进入。吕超的伏兵突然出击，俱延失去战马，徒步逃跑，夌江将军郭祖奋力抵抗，俱延才得以逃脱。秃发傉檀发怒，在显美攻打后凉昌松太守孟祎。吕隆派广武将军荀安国、宁远将军石可率领五百骑兵救援，荀安国等人畏惧秃发傉檀的强大，领兵逃了回去。
此时，东晋桓玄上奏举荐哥哥桓伟为江州刺史，镇守夏口；任命司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇守襄阳；派部将皇甫敷、冯该驻守湓口。他将沮水、漳水流域的两千户蛮族百姓迁移到长江以南，设立武宁郡；又招集流民，设立绥安郡。朝廷下诏征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之入朝，桓玄都把他们留住，不让他们前往京师。
桓玄自认为占据了东晋三分之二的领土，便多次派人向朝廷进献所谓的“祥瑞征兆”，想以此迷惑众人；又写信给会稽王司马道子说：“孙恩叛军逼近京师近郊，只是因遇风不能前进、遇雨无法放火，粮草耗尽才撤退，并非被朝廷兵力击败。从前王国宝死后，王恭没有趁势入京掌控朝政，可见他并非对明公您有二心，却被说成不忠。如今朝廷显贵大臣中的亲信，有哪一个是当时有声望的名士？怎能说没有优秀人才！只是您不能信任他们罢了！近来局势急转直下，才酿成今日的祸患。朝中君子都畏惧灾祸不敢说话，我有幸在外地任职，所以才敢陈述事实。”司马元显看到信后，十分恐惧。
张法顺对司马元显说：“桓玄凭借家族世代积累的势力，一向有豪迈气概，现已吞并殷仲堪、杨佺期的势力，独占荆楚地区，您所能控制的仅三吴之地罢了。孙恩作乱，东部地区遭受战乱，官府和百姓都穷困枯竭，桓玄必定会趁此机会施展他的奸计，我私下对此很担忧。”司马元显说：“那该怎么办？”张法顺说：“桓玄刚占据荆州，人心还未归附，正致力于安抚百姓，没闲暇谋划其他事情。如果趁此时机派刘牢之为前锋，您率领大军随后进军，就能攻取桓玄。”司马元显认为这话有理。恰逢武昌太守庾楷因桓玄与朝廷结怨，担心事情不成，灾祸会牵连自己，便在暗中派人主动与司马元显结交，说：“桓玄大失人心，部众不愿为他效力，若朝廷派军讨伐，我愿做内应。”司马元显大喜，派张法顺前往京口，与刘牢之商议；刘牢之认为此事难以成功。张法顺返回后，对司马元显说：“看刘牢之的言行神色，必定会对我们怀有二心，不如召他入京杀掉；否则，将会败坏大事。”司马元显没有听从。于是大规模整治水军，征召士兵、装配战船，谋划讨伐桓玄。
到了公元402年，春季正月庚午朔（初一），朝廷下诏历数桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加授黄钺；又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王司马尚之为后续部队，同时大赦天下，改年号，朝廷内外实行戒严；加授会稽王司马道子为太傅。
司马元显想诛杀所有桓氏族人。中护军桓修是骠骑长史王诞的外甥，王诞深受司马元显宠信，他向司马元显陈述桓修等人与桓玄志向不同，司马元显才停止诛杀计划。王诞是王导的曾孙。
张法顺对司马元显说：“桓谦兄弟常为桓玄充当上游的耳目，应当斩杀他们以断绝奸谋。况且事情能否成功，关键在前军，而刘牢之反复无常，万一发生变故，灾祸失败会立刻到来。可让刘牢之杀桓谦兄弟来表明自己没有二心，若他不听命，就应提前对付他。”司马元显说：“如今除了刘牢之，没人能牵制桓玄；况且刚开始行事就诛杀大将，会使人心不安。”他再三拒绝这一建议。又因桓氏世代受荆州百姓归附，桓冲尤其留下恩惠，而桓谦是桓冲的儿子，于是从骠骑司马提拔桓谦为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想借此笼络荆州地区的人心。
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