桓谦等人的士兵大多是北府（京口）人，一向敬畏刘裕，没有斗志。刘裕与刘毅等人分成几队，冲锋突破桓谦的军阵；刘裕身先士卒，将士们都拼死作战，无不以一当百，喊杀声震动天地。当时东北风刮的非常猛烈，刘裕军队趁机放火焚烧敌营，浓烟火焰冲天，击鼓呐喊的声音震动京城，桓谦等各路军队彻底溃败。
桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，却已下定决心逃跑，暗中让领军将军殷仲文在石头城准备船只；听到桓谦等人战败的消息后，他率领几千名亲信，谎称要去迎战，随后带着儿子桓昇、侄子桓浚从南掖门逃出。途中遇到前相国参军胡籓，胡籓拉住马缰绳劝谏说：“现在宫中的羽林射手还有八百人，都是愿意为您死战的，西边的人蒙受您家几代的恩惠，不驱使他们打一仗，一旦放弃这里，您想去哪里安身呢！”桓玄不回答，只举起马鞭指向天空，接着鞭打马匹逃跑，向西奔向石头城，与殷仲文等人乘船向南逃走。他一整天没吃东西，手下人送来粗米饭，桓玄难以下咽，桓昇抱着他的胸口轻轻抚摸，桓玄悲痛得不能自已。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接，刘裕在马上抱着王方回，与王仲德相对而哭。他追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕在桓谦过去的营地驻扎，派刘钟占据东府。
庚申日，刘裕驻守石头城，设立临时朝廷机构“留台”，任命百官，在宣阳门外焚烧桓温的神位，重新制作晋朝祖先的神位，将之送入太庙。他派遣众将追击桓玄，尚书王嘏率领百官前往迎接晋安帝，诛杀留在建康的桓玄宗族。
随后，刘裕派臧熹进入皇宫，收缴图书、器物，封闭府库；发现有镶金的乐器，刘裕问臧熹：“你难道想得到这些东西吗？”臧熹神色严肃地说：“皇上被囚禁逼迫，流亡在外，将军您首举大义，为王室操劳，我即使不成器，也绝不会对乐器有想法。”刘裕笑着说：“我只是跟你开玩笑罢了。”臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌日，桓玄的司徒王谧与众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事；王谧又推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，任命刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕刚到建康时，各项重大决策都委托给刘穆之，仓促之间制定的制度，没有不符合民心的。刘裕于是把刘穆之当作心腹，一举一动都向他咨询；刘穆之也尽心竭力，毫无隐瞒。当时晋朝政令宽松混乱，法纪不立，豪门大族横行霸道，百姓穷困窘迫，再加上司马元显执政时政令错乱。桓玄虽然想整顿，却制定了繁杂细密的法规，众人都不愿遵守。刘穆之根据实际情况斟酌调整，随时矫正弊端；刘裕以身作则，首先用威严的法令约束众人；朝廷内外百官都严肃地履行职责，不到十天，社会风气就有了明显改变。
起初，诸葛长民到豫州后，因延误期限没能按时起兵。刁逵抓住诸葛长民，用囚车将他押送给桓玄。走到当利时，桓玄战败，押送的人一起砸破囚车放出诸葛长民，诸葛长民返回历阳。刁逵放弃城池逃跑，被他的部下抓住，在石头城被斩首，他的子侄无论老少都被处死，只赦免了他的弟弟、给事中刁骋。刁逵过去的下属隐藏了他的侄子刁雍，把他送到洛阳，后秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名声低微、职位低下，行为轻薄狡诈，世家大族都不愿与他交往，只有王谧看重他，对刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾与刁逵赌博，没能按时缴纳赌债，刁逵把他绑在马桩上。王谧见到后，斥责刁逵并释放了刘裕，还替他还清了赌债。因此刘裕深深怨恨刁逵，而感激王谧。
萧方等（南朝史学家）评论说：蛟龙潜伏时，鱼虾也敢轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝宽恕梁鹄，怎么能因为平民时的恩怨，酿成帝王与臣子之间的裂痕呢！如今王谧身居高位，刁逵却家族覆灭，刘裕报恩报怨，心胸多么狭隘啊！
尚书左仆射王愉和他的儿子、荆州刺史王绥密谋袭击刘裕，事情泄露，被灭族；王绥的侄子王慧龙被僧人释彬隐藏起来，得以幸免。
此时，北魏因中原地区人口减少、经济萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
丁卯日，刘裕迁到东府驻守。
桓玄到达寻阳，郭昶之给他提供器物用具和兵力。辛未日，桓玄逼迫晋安帝向西进发，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队追击。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之驻守湓口。
桓玄在途中亲自撰写《起居注》，叙述讨伐刘裕的事情，自称谋划策略没有遗漏，是各路军队违背调度，才导致失败。他一心专注于着述，没有时间与手下商议时事。《起居注》完成后，他还向远近各地展示。
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！
喜欢资治通鉴新译请大家收藏：(m.20xs.org)资治通鉴新译20小说网更新速度全网最快。