夏季四月，刘裕返回京口镇守，朝廷改授他都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。
这时，卢循派遣使者向朝廷进贡。当时朝廷刚刚平定内乱，没有精力征讨卢循；壬申日，朝廷任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循送给刘裕益智粽（一种有补益作用的粽子），刘裕回赠他续命汤（一种中药汤剂）。卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞劝卢循说：“我本来就不是军旅之人，留在这里没什么用处；我一向受到刘镇军（刘裕）的厚待，如果能返回北方，必定会得到他的任用，到时候无论为公为私，都能报答您的厚恩。”卢循认为他说得很对。刘裕写信给卢循，让他遣送吴隐之返回朝廷，卢循没有答应。王诞又劝卢循说：“将军现在留下吴公，无论从公事还是私事来看，都不是好计策。当年孙伯符（孙策）难道不想留下华子鱼（华歆）吗？只是因为一个地方容不下两位君主罢了。”于是卢循派遣吴隐之和王诞一起返回朝廷。
起初，南燕君主慕容备德在后秦担任张掖太守时，他的兄长慕容纳和母亲公孙氏居住在张掖。慕容备德跟随秦王苻坚攻打淮南时，留下一把金刀与母亲告别。后来慕容备德和燕王慕容垂在山东起兵反秦，张掖太守苻昌逮捕了慕容纳和慕容备德的几个儿子，将他们全部处死，公孙氏因年老得以幸免，慕容纳的妻子段氏正怀有身孕，没有被立即处决。狱吏呼延平是慕容备德过去的部下，偷偷带着公孙氏和段氏逃往羌人地区。段氏生下儿子慕容超，慕容超十岁时，公孙氏病重，临终前把金刀交给慕容超说：“你如果能返回东方，一定要把这把金刀还给你的叔叔（慕容备德）。”呼延平又带着慕容超母子逃往凉州。等到吕隆投降后秦，慕容超跟随凉州的百姓迁徙到长安。呼延平去世后，段氏为慕容超娶了妻子。
慕容超担心被后秦人逮捕，于是假装疯狂，沿街乞讨；后秦人都看不起他，只有东平公姚绍见了他，觉得他与众不同，便对后秦王姚兴说：“慕容超身材魁梧，气度不凡，恐怕不是真的疯狂，希望您能稍微授予他一些官职，以此来笼络他。”姚兴召见慕容超，和他交谈，慕容超故意答错问题，有时还问而不答。姚兴对姚绍说：“谚语说‘漂亮的皮肤不会包裹着愚笨的骨头’，这不过是瞎说罢了。”于是把慕容超打发走了。
慕容备德听说兄长慕容纳有个遗腹子在後秦，便派遣济阴人吴辩前去寻找。吴辩通过在长安以占卜为生的同乡宗正谦，把消息告诉了慕容超。慕容超不敢告诉母亲和妻子，便偷偷和宗正谦改换姓名，逃归南燕。走到梁父时，镇南长史悦寿把这事报告给兖州刺史慕容法。慕容法说：“过去汉朝有个占卜的人谎称是卫太子，现在怎么知道他不是这类人呢！”因此没有礼遇慕容超。慕容超从此与慕容法产生了嫌隙。
慕容备德听说慕容超到来，心里非常高兴，立即派遣三百名骑兵前去迎接。慕容超抵达广固，把金刀献给慕容备德。慕容备德痛哭流涕，悲痛不已，册封慕容超为北海王，任命他为侍中、骠骑大将军、司隶校尉、开府，精心挑选当时的贤才，担任他的属官。慕容备德没有儿子，打算把慕容超立为继承人。慕容超在宫内侍奉慕容备德，极尽孝道，让他欢心；在宫外则礼贤下士，因此朝廷内外的赞誉和期望都集中到他身上。
五月，桂阳太守、章武王司马秀和益州刺史司马轨之谋反，被处死。司马秀的妻子是桓振的妹妹，所以他因自我怀疑而谋反。桓玄的残余党羽桓亮、苻宏等人，聚集部众在郡县作乱的有十几股，刘毅、刘道规、檀祗等人分别领兵讨伐，将他们全部消灭，荆州、汀州、江州、豫州都得以平定。朝廷下诏任命刘毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。
北青州刺史刘该谋反，勾结北魏作为外援，清河、阳平二郡太守孙全聚集部众响应他。六月，北魏豫州刺史索度真、大将斛斯兰侵犯徐州，围攻彭城。刘裕派遣他的弟弟南彭城内史刘道怜、东海太守孟龙符领兵援救彭城，斩杀刘该和孙全，北魏军队战败逃走。孟龙符是孟怀玉的弟弟。
后秦陇西公姚硕德讨伐仇池，多次击败杨盛的军队；将军敛俱攻打汉中，攻克成固，将三千多家流民迁徙到关中。秋季七月，杨盛向后秦请求投降。后秦任命杨盛为都督益、宁二州诸军事、征南大将军、益州牧。
刘裕派遣使者向后秦求和，并且请求归还南乡等几个郡，后秦王姚兴答应了。大臣们都认为不应该答应，姚兴说：“天下的善行都是一样的。刘裕从低微的地位崛起，能够讨伐诛杀桓玄，复兴晋朝宗室，对内整顿政务，对外整治边疆，我何必吝惜几个郡，而不成全他的好事呢！”于是割让南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡归还给东晋。
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