此时，刘裕抵达下邳，用船装载军用物资，亲自率领精锐部队步行返回。到达山阳时，听说何无忌战败身亡，担心京城失守，便脱下铠甲，加速行军，与数十人赶到淮河岸边，向路人询问朝廷的消息，路人说：“叛军还没到，刘公如果回来，就没什么可担心的了。”刘裕大喜。准备渡江时，风势猛烈，众人都认为难以渡江。刘裕说：“如果上天帮助国家，风就会自行停止；如果不是这样，淹死又有什么可怕的！”当即下令上船，船刚开动，风就停了。渡过长江后，抵达京口，众人这才安心。夏季，四月初二（癸未），刘裕到达建康。他因江州失陷，便上奏表请求交回印绶，朝廷下诏不同意。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各自率领军队入京保卫建康。刘籓是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，准备率军抵御，却突然生病；病愈后，准备出发。刘裕给刘毅写信说：“我过去多次攻打妖贼，熟悉他们的战术变化。叛军刚获得胜利，势头不可轻视。现在我修整战船即将完成，准备和你一同进军。平定叛军后，上游地区的重任，都交给你。”又派遣刘籓前去劝止他。刘毅发怒，对刘籓说：“过去只是因为一时的功劳推举他，你就真的认为我比不上刘裕吗！”说着，就把信扔在地上，率领两万水军从姑孰出发。
卢循刚开始入侵时，派徐道覆进攻寻阳，自己率军攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵，准备攻打江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，便派人火速告诉卢循：“刘毅的军队兵力强盛，成败的关键就在这一战，应当集中兵力摧毁他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月初七（戊午），刘毅与卢循在桑落洲交战，刘毅的军队大败，他放弃战船，率领数百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回建康，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认这一消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进军建康，坚决争论。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
五月初八（己未），东晋实行大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当年京口起兵讨伐桓玄时相同。征发百姓修建石头城。有人建议分兵驻守各渡口要道，刘裕说：“叛军人数多，我们人数少，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在把兵力集中在石头城，根据情况灵活应对，既让敌人无法猜测我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续兵力逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听闻刘毅战败，人心惶惶。当时北伐南燕的军队刚返回，将士大多受伤患病，建康的守军不足数千人。卢循攻克江州、豫州后，拥有十几万士兵，战船车马绵延百里不断，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说叛军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送皇帝渡过长江北上，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南下讨伐卢循时，孟昶就预料他们必定失败，后来果然如此。到这时，他又认为刘裕一定无法对抗卢循，不少人都相信他的判断。只有龙骧将军、东海人虞丘进在朝堂上反驳孟昶等人，认为并非如此。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是辅佐当世的栋梁，刚建立大功，威震天下，妖贼趁虚入侵，如今听说您凯旋归来，必定会溃逃。如果您先自行逃跑，就会和普通百姓没区别，普通百姓的号令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。”刘裕十分高兴。孟昶却坚持请求不已，刘裕说：“现在外地重镇沦陷，强敌逼近京城，人心惶恐，没有坚定的意志；如果一旦迁都，国家就会土崩瓦解，江北又岂能到达！即便能到达，也不过是拖延时日罢了。现在士兵虽少，但足够一战。如果能战胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定降临，我会战死在皇宫门前，实现我向来以身报国的志向，不会逃窜到草野间苟且求生。我的计策已经定了，你别再多说！”孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为必定失败，于是请求赐死。刘裕发怒说：“你暂且再参与一战，死又何必急于现在！”孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自我陈述：“臣当初赞同刘裕北伐，众人都不同意，只有臣支持他的计划，导致强贼趁机入侵，国家危急，这是臣的罪过。谨此承担罪责，向天下人谢罪！”封好奏表后，孟昶服毒自杀。
五月十四（乙丑），卢循抵达淮口（秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇；刘裕驻守石头城，众将领各自领兵驻守要地。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的同族弟弟。
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