基地内部却按最高战备标准建造，分为上、中、下三层，每层之间由防核爆电梯连接，电梯的门厚达 1 米，能抵御 10 万吨当量核弹的冲击波：
上层（指挥生活区）
防护能力：能抵御 10 级地震（基地所在区域属于地震低发区，但仍按最高标准设计），墙壁由 10 米厚的特种混凝土浇筑（抗压强达 500 兆帕；
相当于 5000 米深海的压力，这种混凝土中添加了碳纤维和钢纤维，强度是普通混凝土的 5 倍）。
生命支持：配备了独立的空气循环系统 —— 生物过滤模块能过滤 99.99% 的未知微生物，系统内储存的氧气（以液态形式储存，体积小、容量大）
食物（压缩饼干、脱水蔬菜等，保质期长达 5 年），即使外部被污染，也能维持 30 人 3 个月的生存需求。
生活设施：生活区的每间宿舍都配有压力调节装置，避免人员因地下压力变化出现不适（地下 200 米处的压力比地面高 2 个大气压，长期生活可能导致耳膜损伤）。
宿舍内还有独立的卫生间和淋浴间，热水供应由地热系统提供，节能环保。
中层（核心科研区）
计算能力：摆放着 8 台 “昆仑 - III” 型量子计算机（总算力达 1200PFlops，1PFlops 相当于每秒 1000 万亿次浮点运算，能同时处理 10 万组深海信号数据）；
计算机的散热系统采用深海冷水循环 —— 通过管道将深海冷水引入基地，吸收热量后再排回海中，噪音低于 30 分贝（相当于耳语的音量），不会干扰信号检测。
医疗科研：旁边是 4 间 “神经修复舱”—— 修复舱内的 “经颅磁刺激仪” 可发射 0.5 特斯拉的脉冲（这个强度能穿透颅骨，精准激活受损神经元，且不会造成组织损伤）；
曾在 “利维坦” 项目中帮助 7 名研究员恢复了部分记忆，其中研究员张伟就通过治疗，回忆起了 “深海六边形阵列” 的关键片段，为后续的信号解析提供了重要线索。
实验设备：科研区内还有各种先进的实验设备，如 “超导核磁共振仪”（用于分析生物样本的分子结构）、“高压深海模拟舱”（能模拟万米深海的压力和温度环境）等，这些设备都是国内顶尖的，部分甚至是全球独有的。
下层（深潜器停靠舱与核生化防护区）
能源供应：备用核反应堆能提供持续 3 个月的能源（采用小型压水堆技术，安全性高，不会发生核泄漏），即使外部电网中断，也能维持基地的正常运转。
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