然而，他这“与阉党走得近”的底色，早已是东林党人及其同情者眼中的原罪。此刻见他哭穷，又提及先帝朝的政策，立刻便有人按捺不住了。
黄运泰话音刚落，都察院的一名御史便疾步出列，声音尖锐如同锥子：“陛下！臣弹劾户部尚书黄运泰尸位素餐，理财无方！国库空虚至此，彼身为计臣，难辞其咎！更兼其人与阉宦过往从密，臣怀疑国库钱粮，多有被其伙同阉党中人贪墨挪用之处！恳请陛下将其革职查办，彻查户部钱粮账目！”
这一下，如同点燃了火药桶的引线。
“陛下！臣附议！黄运泰执掌户部多年，国库却空空如也，此非失职何为？”
“臣闻黄运泰昔日为巴结魏阉，曾以库银为其营建生祠出力，此等行径，与监守自盗何异！”
“陛下！修陵乃尽孝大事，黄运泰竟以无钱推诿，其心可诛！”
“国库空虚，必是奸臣当道，蠹虫丛生所致！请陛下严惩黄运泰，以正朝纲！”
弹劾之声顷刻间如同潮水般涌来，言辞激烈，杀气腾腾。出列者多是科道言官以及与东林关系密切的官员。他们抓住黄运泰与阉党的关联和国库空虚的现实，大做文章，一方面是为了打击阉党残余势力，另一方面，也未尝没有借此树立东林“清流”形象、并试探新帝态度的意图。
黄运泰被这突如其来的围攻吓得面色惨白，浑身发抖。他徒劳地辩解着：“陛下明鉴！臣……臣冤枉啊！臣与魏忠贤仅有公务往来，绝无勾结！国库账目，笔笔可查，臣……臣一片忠心，可昭日月啊！”
然而，在群情汹汹之下，他的辩解显得如此苍白无力。他惊恐地看到，昔日一些与他还算交好的同僚，此刻也或避开了他的目光，或沉默不语。他意识到，自己成了新旧权力交替过程中，那个可以被牺牲、用来祭旗的角色。巨大的恐惧和绝望攫住了他。
他扑通一声跪倒在地，以头抢地，带着哭腔高喊道：“陛下！臣……臣才疏学浅，年老昏聩，实不堪户部重任！恳请陛下开恩，准臣……准臣乞骸骨，告老还乡！”
这是以退为进，也是真正的求饶。他希望能用辞职来换取平安。
朱由检高坐御座，冷眼看着这一幕。他对黄运泰并无太多恶感，甚至念及旧情有一丝不忍。但他更清楚，黄运泰这个位置至关重要，必须由真正能干且值得信任的人来担任。他心目中早已有了人选——那位以精明干练、善于理财着称，历史上本该在崇祯元年被起用的毕自严。黄运泰的请辞，正好给了他腾位置的绝佳机会。
而且，让黄运泰这样与阉党有牵连的人继续待在户部尚书的位置上，也不利于他接下来要推行的一些政策。
于是，在群臣汹汹的弹劾和黄运泰涕泪交加的请辞声中，朱由检脸上适时地露出了些许“惋惜”和“为难”的神色。
他沉吟了片刻，方才缓缓开口，声音带着一种刻意的沉重：“黄卿……何至于此。朕知你掌计部，亦多艰难……”
这是假意的挽留，必要的姿态。
但不等黄运泰和众臣反应，他话锋便是一转，语气变得果决起来：“然，如今国库空虚乃事实，陵寝工程亦不可久拖，诸臣工所言……亦不无道理。黄卿既感精力不济，多次恳辞……唉，朕虽心有不舍，亦不能因私废公。”
他目光落在叩头不止的黄运泰身上，最终裁定：“准卿所请。着免去黄运泰户部尚书一职，归籍调养。念其多年勤勉，赐银百两，缎十匹，以示体恤。”
“臣……谢陛下隆恩！”黄运泰听到最终判决，虽是去职，但总算保住了身家性命，还能得些赏赐全身而退，已是万幸，连忙叩头谢恩，心中五味杂陈，既有失落，更有一种解脱之感。
朱由检看着黄运泰有些踉跄地退归班列，心中并无多少波澜。他知道，这只是清理朝堂的第一步。户部这个钱袋子的掌管者，必须换人了。他目光深邃，已经开始盘算如何尽快将毕自严推到前台，以及，该如何面对这空空如也的国库，和那索要二百万两的陵寝工程。
皇极殿内，一场关于银子的风波暂时平息，但由银子引发的更深层次的危机与变革，才刚刚拉开序幕。空气中，仿佛已经能闻到一丝……山雨欲来的铁锈味。
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