他做出了一个果断而富有策略的决定：
一、 不予强行行政命令，而是下旨“鼓励太医院与药石司携手，各展所长，共抗疫情”，将选择权部分下放，缓和对立情绪。
二、 命皇室宗亲中适龄孩童，率先自愿接受药石司的“人痘接种”，以皇室行为，破除“邪术”谣言，引导舆论。
三、 在疫区设立“对照区”，一部分区域由太医院按传统方法救治，另一部分区域由药石司实施隔离与接种，以结果说话。
旨意下达后，效果立竿见影。几位亲王、郡王为了子嗣安危，在经过太医院和华棠的共同评估后，同意接种。此事经官报宣传，引起了巨大轰动，民间观望情绪浓厚。
而在疫区，华苓在获得部分民众勉强同意后，划定了“对照区”。结果，在残酷的现实面前，数据产生了无声却强大的说服力：采用严格隔离和接种预防的区域，疫情迅速得到控制，新增病例和死亡率大幅下降；而仅采用传统疗法的区域，虽然太医们尽心尽力，但疫情仍在蔓延，死亡率居高不下。
事实胜于雄辩。越来越多的百姓开始主动要求接种，甚至原先阻挠的士绅也悄悄带着家小前来。太医院的一些年轻太医，也开始私下向华苓请教微生物知识和接种技术。
孙思邈院使亲赴疫区，查看了两边的结果，沉默良久。他看着华苓因劳累而消瘦的脸庞，以及那些因接种而存活下来的孩童，复杂的神情中，有固执，有失落，但最终，一丝不易察觉的松动和赞赏浮现出来。他没有公开认错，但回到太医院后，不再激烈反对格致医道，反而默许了年轻太医们去药石司交流学习。
疫情过后，林牧之在御书房召见华棠、华苓以及孙思邈。他并没有评判孰是孰非，而是感慨道：
“此次疫情，让朕深切体会，新旧之争，其势如水火，然其心，或可相通。 传统医术，博大精深，重在整体，讲究仁心，此乃根本，不可弃。格物医道，精准犀利，重在实证，追求效率，此乃利器，不可废。”
他看向孙思邈和华棠：“孙爱卿，华爱卿，朕望太医院与药石司，勿再争高下，而应求互补。 可设‘医学格致院’，共研医理，传统为体，格物为用，方能成就真正济世活人之大道！”
孙思邈和华棠对视一眼，虽仍有隔阂，但皇帝的金玉之言和疫情中的现实，让他们都微微点了点头。一场激烈的碰撞，最终以一种更具建设性的“融合”方向，暂时告一段落。
旧观念与新技术的碰撞，遍布寒川社会各个角落：工坊里老师傅的经验与年轻工程师的图纸之争；学堂里老学究的经史子集与格物启蒙教材之辩；甚至家庭中，老一辈对“奇技淫巧”的排斥与年轻一代对新事物的热衷……这些碰撞，充满了阵痛与摩擦，但也正是在这种碰撞中，寒川社会进行着艰难的自我更新与蜕变。它预示着，一个真正拥抱科技的时代，不仅需要技术的突破，更需要思想观念的深刻革命。而这场革命，远比制造蒸汽机或破译密码，要复杂和漫长得多。
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