泰昌帝朱常洛亲自坐镇南京，在铲除了南方的大士族财阀们之后，又通过土地改革、解放奴籍、将工坊还给优秀的匠人和管理者等方式，极大的提高了南方手工业者的积极性，为京师防疫和辽东战争提供了充足的物资保障。
在获得了大量的物资之后，朱常洛随后又指挥福广水师和沿海商船，将这些物资源源不断的送往京师和辽东地区。
与此同时，京师的鼠疫防治工作也随着王承恩的返回而正式开始。
紫禁城文华殿内，监国太子朱由校、内阁首辅孙承宗及六部堂官齐聚。
王承恩风尘仆仆的赶回京师，当着太子和文武大臣的面拿出了朱常洛亲笔所书的《鼠疫防治方略》。
“殿下，孙阁老，诸位大人，”王承恩声音沉稳，“陛下得知京师发生鼠疫后，就命奴婢立即返京，并给奴婢亲笔书写了鼠疫防治的方略。”
随后他将朱常洛亲笔书写的方略呈交给坐在御座下方的太子朱由校。
朱由校接过方略细看，越看越心惊：“封锁九门？全城戒严？坊市隔离？这......会不会引起百姓恐慌？”
“殿下，”孙承宗肃然道，“老臣查阅史籍，元末鼠疫，中原十室九空；前朝嘉靖年间山西大疫，死者数十万。瘟疫猛于虎，非常之时当行非常之策！王公公此策虽严，却是阻断疫情传播的唯一良方。”
“孙阁老所言极是。”工部辅臣徐光启附和，“若疫情失控，京师百万军民皆危，辽东战事亦将受挫。当断则断！”
朱由校深吸一口气：“既如此，本宫准奏！王承恩听旨：命你为京师防疫总督，节制五城兵马司、顺天府、太医院和大明皇家商行，全权负责京师防疫事宜！内阁、六部全力配合！”
“臣领旨！”王承恩跪地叩首。
次日清晨，京师九门同时关闭。五城兵马司的兵士沿街敲锣宣告：
“奉太子殿下谕旨，即日起京师戒严！各坊设栅栏隔离，百姓不得随意出入！所有集市、酒楼、戏园一律关闭！家家户户需灭鼠消毒，外出必须佩戴口罩！”
起初，百姓们惊慌失措。有人试图冲击城门，有人囤积粮食，有人散布谣言。但很快，朝廷的配套措施跟上来了。
顺天府在每坊设立“官米铺”，按户平价供应粮食，杜绝奸商囤积居奇；皇家商行医药局和太医院在各坊开设“防疫医馆”，免费发放口罩、汤药；五城兵马司每日三次沿街喷洒石灰水消毒......
最让百姓安心的是，太子朱由校没有躲在深宫，而是每日登上城门楼，亲自向百姓喊话：
“京师父老！朝廷绝不会抛弃任何一个人！皇帝陛下正亲自坐镇南京，把南方的粮食、棉布、药品正日夜兼程运来！只要我们同心协力，必能战胜瘟疫！”
太子亲民之举，稳住了人心。
王承恩的防疫措施细致而坚决。
他将京师划分为一百三十六坊，每坊设坊正一人、防疫官两人、兵士二十人。各坊之间以木栅栏隔离，只留一个出入口，由兵士把守，进出需凭“防疫路引”。
“防疫路引分为三种，”王承恩向各坊正解释，“红色为医官、药工专用，可跨坊行走；黄色为粮运、物资人员使用，限指定路线；白色为普通百姓应急之用，需坊正签字，且每次外出不得超过一个时辰。”
各坊内部，防疫官组织青壮年组成“防疫队”，挨家挨户检查。
“家里可有死鼠？有无发热、咳血之人？”防疫队员仔细询问。
一旦发现疑似病例，立即将患者移至坊内设立的“隔离屋”，其家人也需居家观察七日。患者用过的物品全部焚烧，房屋内外彻底消毒。
灭鼠是重中之重。王承恩下令：“每捉一鼠，并用火焚之赏钱十文。”
重赏之下，京师掀起灭鼠热潮。人们设置各种捕鼠机关捕捉老鼠。仅三天，顺天府就收到了三十万只死鼠。这些死鼠被统一运至城外，挖深坑撒石灰掩埋。
最艰难的是处理染疫尸体。按传统，死者需入土为安。但鼠疫死者尸体是最大的传染源，必须焚烧。
“公公，很多百姓不理解，阻拦我们搬运他们亲人的尸体。”一个防疫官苦恼地报告。
王承恩亲赴现场。只见一群披麻戴孝的百姓围着一具棺木，与兵士对峙。
“老人家，”王承恩向一位白发老翁躬身，“在下知道此举有违孝道。但令郎是因疫而亡，若不焚烧，疫毒扩散，恐会害了更多性命，包括您的其他家人。您忍心吗？”
老翁泪流满面：“可......可这样我儿就尸骨无存了啊！”
“不会。”王承恩郑重道，“朝廷已在西山设‘疫亡者纪念堂’，所有焚化后的骨灰都将收入瓷坛，供奉其中，由高僧超度，永享香火。待疫情过后，家属可前往祭拜。此外，朝廷将抚恤每户五两银子，助其渡过难关。”
老翁沉默良久，终于颤声道：“我儿......能为防疫尽最后一份力，也算值了。烧吧......”
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