申屠刚、杜林从隗嚣那里投奔刘秀，刘秀任命他们为侍御史，又让郑兴做太中大夫。
三月，公孙述派田戎从江关出兵，想召集他以前的部下，夺取荆州，结果没能成功。刘秀就给隗嚣下诏书，想借道天水去攻打公孙述。隗嚣回复说：“白水关地势险要，栈道也都毁坏断绝了。公孙述为人严酷，上下离心，不如等他罪恶深重，我们再出兵，到时候肯定一呼百应。”刘秀知道隗嚣终究不会为自己所用，就开始谋划讨伐他。
四月丙子日，刘秀亲自前往长安，拜谒西汉皇帝的陵园，然后派耿弇、盖延等七位将军从陇道出发，准备攻打蜀地。出发前，先派中郎将来歙带着诏书去给隗嚣传达旨意。隗嚣却故意找各种借口拖延，事情一直悬而未决。来歙忍无可忍，质问隗嚣：“皇上因为您能明辨是非，懂得兴衰之道，才给您写亲笔信推心置腹。您既然表示忠诚，把儿子伯春送到京城做人质，现在却听信小人谗言，要做让家族灭门的蠢事吗！”说着就想上前刺杀隗嚣。隗嚣慌忙起身躲进内室，召集士兵要杀来歙，来歙却不慌不忙，拿着符节上车准备离开。隗嚣派牛邯带兵围住来歙。隗嚣的部将王遵劝说道：“来歙虽然只是一个人远道而来，但他是皇上的表哥，杀了他对汉朝没什么损失，咱们却要跟着灭族。当年宋国扣留楚国使者，结果遭遇了百姓易子而食、析骸而爨的大祸。小国之间都不能随意侮辱使者，何况是面对万乘之主，再加上伯春还在汉朝当人质呢！”来歙为人重信义，言行一致，每次游说都有事实依据，西州的士大夫们都很信任他，纷纷为他求情，来歙这才得以脱身，回到洛阳。
五月己未日，刘秀从长安回到洛阳。
隗嚣终于起兵造反，派王元占据陇坻，砍伐树木堵塞道路。刘秀的将领们和隗嚣交战，结果大败，各自带兵退下陇山。隗嚣的军队紧追不舍，马武挑选精锐骑兵断后，斩杀几千敌军，其他军队才得以安全撤回。
六月辛卯日，刘秀下诏书说：“设置官吏，是为了服务百姓。现在百姓历经战乱，人口减少，可郡县里设置的官职还很多。命令司隶校尉和各州牧如实核查辖区情况，裁减官员，人口少的县和封国，如果不值得单独设置长官，就进行合并。”于是，全国合并、撤销了四百多个县，官吏数量大幅减少，只保留了原来的十分之一。
九月丙寅日，出现了日食。执金吾朱浮上奏说：“当年尧、舜治理天下，还要经过三次考核；汉朝建立，也是靠长期积累功绩，官员们任职时间都很长，有的一直做到子孙都长大。那时候的官吏，也不可能把所有事情都处理得尽善尽美，议论的人难道还少吗？但大家都明白，成就大业不能急于求成，艰难的事业需要日积月累。可最近地方官员频繁更换，新官旧官交接，在路上奔波劳顿。这些官员任职时间短，还没来得及做出成绩，朝廷就严厉督促，他们为了自保，在被检举弹劾的压力下，害怕被人指责，就争相弄虚作假，追求虚名，这恐怕就是发生日食的原因。生长太快的东西容易夭折，仓促做成的事也容易毁坏。如果毁掉长久的事业，去追求速成的功劳，对陛下没有好处。希望陛下把目光放长远，耐心等待，天下百姓就太幸运了！”刘秀觉得他说得有道理，从此更换州牧、太守不像以前那么频繁了。
十二月壬辰日，大司空宋弘被免职。
癸巳日，刘秀下诏说：“之前战事不断，国家经费不足，所以实行十税一的政策。现在粮食储备逐渐充足，下令各郡国恢复旧制，按照三十税一的标准征收田租。”
刘秀的将领们从陇山败退下来后，刘秀下令耿弇率军驻扎在漆县，冯异驻扎在栒邑，祭遵驻扎在汧县，吴汉等人则撤回长安屯守。冯异带领军队还没赶到栒邑，隗嚣就趁着胜利的势头，派王元、行巡率领两万多人从陇山而下，又分派行巡去攻打栒邑。冯异得知消息后，立刻下令部队疾驰，准备抢先占据栒邑。将领们纷纷劝阻说：“敌人兵力强盛，又正处于连胜的势头，我们不能和他们硬拼，不如先找个有利的地方驻扎下来，再慢慢想办法。”冯异却坚持道：“敌军已经到了边境，凭借着小胜的得意，就想长驱直入。要是让他们拿下栒邑，三辅地区就会人心动摇。兵法上说，进攻的一方力量往往不足，防守的一方却能凭借城池占据优势。我们现在抢先占据城池，以逸待劳，这可不是和敌人正面争锋。”于是，冯异率领军队悄悄赶到栒邑，关闭城门，放倒军旗，停止击鼓，隐藏行踪。行巡毫不知情，还急急忙忙地率军赶来。冯异瞅准时机，突然擂响战鼓，竖起军旗，率军杀出。行巡的军队顿时惊慌失措，四处奔逃，冯异乘胜追击，把他们打得大败。与此同时，祭遵也在汧县打败了王元。这下，北地的众多豪强首领，如耿定等人，纷纷背叛隗嚣，向刘秀投降。刘秀又下诏让冯异进军义渠，冯异在义渠击败了卢芳的部将贾览以及匈奴的奥鞬日逐王，北地、上郡、安定等地也都相继投降。
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