于是，孙权出兵西征黄祖。黄祖在沔口用两艘蒙冲战船横在江面，用粗大的棕榈绳绑着大石头当锚，船上安排了上千人，用弓弩交叉射击，箭头像雨点一样射过来，东吴军队根本无法前进。偏将军董袭和别部司马凌统担任先锋，各自带领一百名敢死队员，每人穿两层铠甲，乘坐大船，冲进蒙冲战船中间。董袭亲自挥刀砍断两根大绳，蒙冲战船失去固定，横在江面上，东吴大军这才顺利前进。黄祖命令都督陈就带领水军迎战，平北都尉吕蒙率领前锋部队，亲手斩杀了陈就。东吴将士乘胜追击，水陆并进，包围了黄祖的城池，全力攻打，最后攻破城池，大肆屠戮。黄祖想逃跑，被追兵追上杀死，东吴军队掳走了男女几万人。
孙权事先准备了两个木匣，打算用来装黄祖和苏飞的脑袋。庆功宴上，甘宁离开座位，给孙权磕头，痛哭流涕，说起苏飞以前对自己的恩情：“如果不是苏飞，我早就死在荒郊野外了，哪有机会为您效力？现在苏飞虽然有罪，但我恳请主公饶他一命。”孙权被他的话感动，说：“我可以放了他，但他要是跑了怎么办？”甘宁说：“苏飞免去杀身之祸，得到重生的机会，就算赶他走，他都不会跑，怎么会逃跑呢？要是他跑了，我愿意把我的脑袋装进木匣！”孙权这才赦免了苏飞。凌统因为父亲凌操被甘宁杀死，一直想找机会报仇，孙权知道后，命令凌统不许找甘宁麻烦，还让甘宁带兵驻扎到别的地方。
夏天六月，朝廷废除了司空、司徒、太尉这“三公”官职，重新设立丞相和御史大夫。癸巳日，曹操当上了丞相。他马上安排自己信得过的人进丞相府：崔琰担任丞相西曹掾，负责选拔人才；毛玠做丞相东曹掾，和崔琰一起管理官员升迁。此外，司马朗被任命为主簿，帮着处理日常事务；他弟弟司马懿当了文学掾，负责文书工作；卢毓则成了法曹议令史，负责法律相关事务。
崔琰和毛玠选拔人才特别严格，只挑人品正直的人。那些空有名气却品行不端的人，再怎么有名也得不到重用。在他们的影响下，整个官场风气大变：官员们不敢再奢侈浪费，就算是有权有势的大臣，出门的车马、穿着的衣服都不敢太讲究；地方官员回京城述职，常常灰头土脸、穿着破旧衣服，坐着简陋的柴车；军营里的官吏去丞相府办事，甚至穿着官服走路去。
曹操听说后特别高兴，感叹道：“要是用人都能这样，大家自觉遵守规矩，我还操什么心啊！”
司马懿从小就聪明，很有谋略。崔琰对他哥哥司马朗说：“你弟弟聪明果断，比你厉害多了！”曹操听说后，就想把司马懿招到自己手下。没想到司马懿借口得了风痹病，躺在床上动不了，拒绝了曹操。曹操脾气上来了，派人去抓他，司马懿害怕，只好乖乖来上班。
曹操派张辽去长社驻扎。出发前一晚，军营里突然有人谋反，一时间四处起火，士兵们乱成一团。张辽却很镇定，对手下说：“别慌！肯定不是整个军营都反了，就是有人故意捣乱！”他下令：“没参与谋反的人都坐着别动！”然后带着几十个亲兵站在军营中间。过了一会儿，局势就稳定下来，很快抓住了带头闹事的人，当场杀了。
当时，张辽在长社，于禁在颍阴，乐进在阳翟，这三位大将都脾气火爆，经常闹矛盾。曹操就让主簿赵俨去协调他们的关系。赵俨每次都耐心劝说，慢慢地，三个人的关系就缓和了，开始和睦相处。
早些年，马腾和韩遂拜了把子，结果后来因为手下人闹矛盾，成了仇人。朝廷派钟繇和韦端去调解，把马腾调到槐里驻扎。曹操准备去打荆州时，派张既去劝马腾交出兵权，回朝廷当官。马腾一开始答应了，后来又反悔。张既担心他造反，就下令各县赶紧准备物资，还让两千石的官员到郊外迎接。马腾没办法，只好带着人向东走。曹操上表让马腾当了卫尉，封他儿子马超为偏将军，继续统领部队，还把马腾全家都迁到了邺城。
七月，曹操率领大军南下，准备攻打刘表。八月丁未日，山阳人郗虑被任命为御史大夫。
就在这个月的壬子日，太中大夫孔融被处死，尸体扔在闹市示众。孔融仗着自己有才有名，多次公开嘲笑曹操，说话也经常冒犯他。曹操因为孔融名气太大，表面上忍着，心里却恨透了他。孔融还上书建议：“按照古代规矩，京城周围一千里内不能封诸侯。”曹操怀疑他想削弱自己的权力，对他更加忌惮。郗虑和孔融有仇，就按照曹操的意思，给孔融罗织罪名。丞相军谋祭酒路粹上奏说：“孔融在北海的时候，看到朝廷动荡，就想拉帮结派造反；和孙权的使者聊天时，还诽谤朝廷；以前和祢衡互相吹捧，祢衡说孔融是‘孔子再世’，孔融说祢衡是‘颜回重生’，简直大逆不道，必须严惩！”于是，曹操下令杀了孔融，连他的妻子儿女都没放过。只有京兆的脂习和孔融关系好，以前总劝他别太刚直，容易惹祸。孔融死后，大家都不敢去收尸，只有脂习哭着说：“文举（孔融字）死了，我活着还有什么意思！”曹操把脂习抓起来，本来想杀他，后来又赦免了。
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